Em 1994, McQueen regressou a Londres e obteve um mestrado do Central Saint Martins College. Foi o ponto de viragem que o levou a ser um designer. McQueen trabalhou em Givenchy como designer principal de 1996 a 2001. Depois de se ter separado com Givenchy, concentrou-se na sua própria etiqueta. Depois, em 2001, fez uma estreia com a colecção The Dance of the Twisted Bull em Paris que provocou alguns escândalos.

Em 2001, o Grupo “Gucci” obteve 51% das acções da marca Alexander McQueen, que recebeu o nome de McQueen, e tornou-se o seu novo parceiro. Com o passar do tempo, McQueen lançou “McQ” como segunda marca, e “My Queen” como marca de perfume. McQueen também conduziu várias colaborações de marca e design com Puma, Samsonite e Chivas Regal. No final de 2006, a marca Alexander McQueen entrou em 25 cidades incluindo Londres, Paris, Nova Iorque, Boston, Milão, Moscovo, Tóquio e Seul.

Em 1996, foi nomeado como o mais jovem Designer de Moda britânico do Ano, e novamente em 1997, 2001 e 2003. Além disso, em 2003 foi nomeado pelo Council of Fashion Designers of America (CFDA) e recebeu da Rainha o ‘Commander of the Order of the British Empire’. De meados dos anos 90 a 2000, teve sucesso na sua carreira.