Im Jahr 1994 kehrte McQueen nach London zurück und machte einen Master-Abschluss am Central Saint Martins College. Das war der Wendepunkt, der ihn zum Designer werden ließ. McQueen arbeitete von 1996 bis 2001 bei Givenchy als Chefdesigner. Nachdem er sich von Givenchy getrennt hatte, konzentrierte er sich auf sein eigenes Label. 2001 debütierte er mit der Kollektion „The Dance of the Twisted Bull“ in Paris, die einige Skandale auslöste.

Im Jahr 2001 erwarb die „Gucci“-Gruppe 51% der Anteile an der Marke Alexander McQueen, die nach McQueen benannt wurde, und wurde sein neuer Partner. Im Laufe der Zeit lancierte McQueen „McQ“ als Zweitmarke und „My Queen“ als Parfümmarke. McQueen führte auch verschiedene Marken- und Designkooperationen mit Puma, Samsonite und Chivas Regal durch. Bis Ende 2006 hat die Marke Alexander McQueen in 25 Städten Einzug gehalten, darunter London, Paris, New York City, Boston, Mailand, Moskau, Tokio und Seoul.

Im Jahr 1996 wurde er als jüngster britischer Modedesigner des Jahres nominiert, und erneut 1997, 2001 und 2003. Außerdem wurde er 2003 vom Council of Fashion Designers of America(CFDA) nominiert und erhielt von der Queen den „Commander of the Order of the British Empire“. Von Mitte der 1990er bis 2000er Jahre hatte er Erfolg in seiner Karriere.