Archbischof John Murphy Farley gab die Pfarrei 1907 in Auftrag und kaufte den gesamten Stadtblock für 58.000 $. Der Grundstein wurde am 31. Mai 1908 von Kardinal Logue, Erzbischof von Armagh, gelegt, der anlässlich des hundertjährigen Bestehens der Erzdiözese New York zu Besuch war. Das Gebäude wurde am 21. Februar 1909 feierlich eingeweiht. Terence James Cooke (späterer Erzbischof von New York) diente dort in den 1950er Jahren als Kurat.
Die Pfarrei ist seit langem prominent in der Betreuung ihres einkommensschwachen Viertels, in Partnerschaft mit St. Anthony of Padua. Erwähnenswert sind der langjährige Pfarrer Louis R. Gigante – Bruder des berüchtigten Gangsters Vincent „the Chin“ Gigante – der 1967 die Simpson Street Development Association gründete; und Schwester Miriam Thomas. Thomas, eine Nonne, die 1962 als Lehrerin nach St. Athanasius kam und 1968 zusammen mit Gigante die South East Bronx Community Organization (SEBCO) gründete. Die SEBCO sammelt Bundesmittel der Sektion 8, um verlassene Gebäude in erschwingliche Wohnungen umzuwandeln. Eine weitere Aktivistengruppe aus der Nachbarschaft, die Mid-Bronx Desperadoes, wurde 1974 vom St. Athanasius-Priester William Smith mitbegründet. 1985 organisierte Thomas sogar die erste Halloween-Parade der South Bronx
Eine Siedlung mit 105 erschwinglichen Wohnungen, die SEBCO auf dem letzten Grundstück der Stadt in der South Bronx errichtete, waren die Sister Thomas Apartments im Jahr 2008. Bei der Einweihung erklärte die New York State Housing Finance Agency: „In den 60er und 70er Jahren war der Stadtteil Hunts Point in der South Bronx ein trostloser Ort, gesäumt von den Kadavern der Gebäude, die noch vom letzten Feuer schwelten…. Die einzige Zuflucht war St. Athanasius und seine Priester und Nonnen, die zu Leuchttürmen der Hoffnung und zu Anführern der Mieterrechtsbewegung wurden….“
Dennoch wurden Schwester Thomas und der Flohmarkt, den sie lange Zeit organisierte, 2010 kurzerhand aus der Gemeinde vertrieben, was die Gemeinde spaltete, kurz nach der Ankunft eines neuen Pfarrers. Viele Gemeindemitglieder beteiligten sich an Protesten gegen den Umzug, während andere den neuen Pfarrer verteidigten.