L’archevêque John Murphy Farley a mis en service la paroisse en 1907, en achetant tout le pâté de maisons pour 58 000 dollars. La pierre angulaire fut posée le 31 mai 1908 par le cardinal Logue, archevêque d’Armagh, en visite à l’occasion du centenaire de l’archidiocèse de New York. Le bâtiment a été solennellement inauguré le 21 février 1909. Terence James Cooke (futur archevêque de New York) y a servi en tant que vicaire dans les années 1950.
La paroisse a longtemps été éminente dans le service de son quartier à faibles revenus, en partenariat avec St. Anthony of Padua. On peut citer le pasteur de longue date Louis R. Gigante – frère du gangster notoire Vincent » le Chin » Gigante – qui a fondé l’Association de développement de la rue Simpson en 1967 ; et Sœur Miriam Thomas. Thomas, une religieuse qui est arrivée à St. Athanasius en 1962 comme enseignante, et qui s’est jointe à Gigante pour fonder la South East Bronx Community Organization (SEBCO) en 1968. La SEBCO collecte des fonds fédéraux de la section 8 pour convertir des bâtiments abandonnés en logements abordables. Un autre groupe d’activistes du quartier, les Mid-Bronx Desperadoes, a été cofondé par le prêtre de Saint Athanase William Smith en 1974 En 1985, Thomas a même organisé la première parade d’Halloween du South Bronx
Un ensemble de 105 logements abordables que la SEBCO a construit sur la dernière parcelle de terrain appartenant à la ville dans le South Bronx est le Sister Thomas Apartments en 2008. Lors de l’inauguration, l’Agence de financement du logement de l’État de New York a déclaré : » Dans les années 60 et 70, la section Hunts Point du South Bronx était un endroit désolé, bordé de carcasses d’immeubles encore fumants après le dernier incendie….. Le seul refuge était St. Athanasius, ses prêtres et ses religieuses, qui sont devenus des phares d’espoir et des leaders du mouvement pour les droits des locataires…. »
Néanmoins, Sœur Thomas et le marché aux puces qu’elle a longtemps organisé ont été expulsés de la paroisse sans cérémonie en 2010, divisant la communauté, peu après l’arrivée d’un nouveau pasteur. De nombreux paroissiens ont participé à des manifestations contre cette mesure, tandis que d’autres ont défendu le nouveau pasteur.