Le film met en scène des manchots Adélie qui vivent en Antarctique. Les manchots Adélie sont l’un des oiseaux marins les plus australs du monde. Le film affirme que les hivers longs et extrêmement froids de l’Antarctique ont obligé certains groupes d’Adélies à s’adapter en (re)gagnant la capacité de voler. Dans le film, les manchots parcourent des milliers de kilomètres pour rejoindre les forêts tropicales d’Amérique du Sud. Le récit du film décourage les aventuriers d’essayer de voir les manchots volants par eux-mêmes. Ces oiseaux sont rares, « insaisissables et secrets ». Il est pratiquement impossible de les trouver dans les jungles denses d’Amérique du Sud, ou même d’assister à leur migration au-dessus des océans du Sud. Après leur migration, on voit les manchots se poser dans la canopée de la forêt tropicale.

Le film a été raconté par Terry Jones (de la renommée des Monty Python). Se promenant en Antarctique entre les Adélies, Jones raconte :

Nous observions les manchots et les filmions depuis des jours, sans le moindre soupçon de ce qui allait se passer. Mais ensuite, le temps s’est gâté. C’était assez étonnant. Plutôt que de se regrouper pour se protéger du froid, ils ont fait quelque chose de tout à fait inattendu, qu’aucun autre pingouin ne peut faire.

Le film montre des oiseaux qui décollent les uns après les autres, le ciel passant du bleu normal à l’orange du coucher de soleil et tout le ciel se remplissant bientôt de milliers de grandes volées d’oiseaux et de pingouins volants. Le film montre les pingouins volant au-dessus des icebergs et à travers un trou dans un iceberg. L’Antarctique est ensuite laissé derrière et les spectateurs voient le vert des forêts tropicales d’Amérique du Sud. Dans une version remasterisée, les manchots migrent à travers l’Antarctique vers tous les continents de l’hémisphère sud.