E. coli pathogène

Bactérie E. coli

E. coli est un bâtonnet bactérien Gram négatif qui habite la microflore ou l’écosystème intestinal de la plupart des espèces de mammifères et d’oiseaux. E. coli est classé en 150 à 200 sérotypes ou sérogroupes basés sur les antigènes somatiques (O), capsulaires (K), fimbriaux (F) et flagellaires (H).

Sous-ensembles de clones différenciés par leur capacité à provoquer des maladies

La plupart des E. coli sont commensaux, c’est-à-dire qu’ils résident dans l’intestin mais ne sont pas nuisibles pour l’animal hôte. Seule une petite proportion de souches sont pathogènes, produisant des facteurs de virulence leur permettant de provoquer des maladies. Certains E. coli possèdent des gènes de virulence dans des combinaisons non connues pour être associées à des maladies, et peuvent être considérés comme potentiellement pathogènes. Tous les E. coli peuvent porter des gènes de résistance aux agents antimicrobiens.

Sous-ensembles d’E. coli pathogènes (pathotypes)

Les E. coli pathogènes sont classés en catégories ou pathotypes en fonction de la production de grandes classes de facteurs de virulence et des mécanismes par lesquels ils provoquent des maladies. Au sein de chaque pathotype, les souches sont classées en virotypes ou profils de gènes de virulence, en fonction de la présence de combinaisons de gènes de virulence. Les souches d’un pathotype particulier appartiennent à un nombre restreint de sérotypes ou de clones. Les techniques de génotypage moléculaire ou d’empreintes digitales telles que l’électrophorèse en champ pulsé (PFGE) sont de plus en plus utilisées en complément ou à la place du sérotypage, pour la surveillance épidémiologique des E. coli chez les animaux et dans leur environnement.

Ecologie des E. coli pathogènes

Les bactéries E. coli sont constamment excrétées dans l’environnement immédiat des animaux via les fèces, et contaminent les enclos, la litière et le sol des animaux hébergés en intérieur et le sol pour les animaux en extérieur. Ils peuvent persister pendant de longues périodes, parfois plus de 10 semaines, et se propager via le lisier et le fumier dans les champs et les cultures fertilisés, ainsi que dans les eaux souterraines et de surface. E. coli se transmet à d’autres animaux par l’intermédiaire d’aliments contaminés, de manipulateurs et d’eau potable, et éventuellement de ferme à ferme par des véhicules tels que les camions de transport. L’infection se fait par voie orale ou par inhalation de poussières contaminées dans le cas des oiseaux. Les E. coli d’origine animale peuvent également être transmis à l’homme « lien à la section Santé publique » par contact direct, ou par ingestion d’aliments ou d’eau contaminés suite à l’épandage de fumier, ou par ingestion de viande suite à la contamination de carcasses à l’abattoir. Les infections intestinales dues aux ETEC et à la maladie des œdèmes STEC chez les porcs sont souvent contagieuses, la même souche se retrouvant en grand nombre et chez plusieurs porcs malades et d’un lot à l’autre. Ces souches ne sont généralement excrétées que pendant quelques jours après l’infection, probablement en raison du développement de l’immunité. Les infections à ExPEC ne se comportent pas comme des maladies transmissibles. On trouve différentes souches chez chaque animal, et des infections mixtes de plus d’une souche sont souvent observées chez un même animal. La microflore fécale est un réservoir pour les infections extra-intestinales telles que les mastites et les infections du tractus urogénital. De même, les EPEC sont couramment présentes dans les intestins et les fèces des animaux normaux, mais peuvent provoquer des maladies chez les animaux immunodéprimés.

Comment E. coli s’inscrit dans le paradigme « Une seule santé »

Ecologie des E. coli

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