DISCUSSION

L’amplification de l’acide nucléique par RT-PCR ou d’autres techniques permet un diagnostic plus précis de la méningite à EV que les techniques précédemment disponibles telles que la culture virale. Avec la disponibilité de ces techniques de diagnostic sensibles, de nombreux échantillons de LCR sont maintenant soumis à des tests d’acide nucléique EV. Nous avons contrôlé le profil du LCR, y compris la numération leucocytaire et le niveau de protéines, pour aider à évaluer la performance de la RT-PCR EV utilisée dans notre laboratoire. Nous avons maintenant analysé les données basées sur les spécimens soumis à la RT-PCR EV pendant la période de 3 ans de 2001 à 2003 pour réévaluer la relation entre les paramètres du LCR et la présence d’une infection EV du système nerveux central (SNC). Au cours de l’une de ces années, une importante épidémie de WNV s’est produite dans notre région, ce qui nous a permis d’évaluer l’impact de la présence d’un autre pathogène neurotrope sur la relation entre les anomalies du profil du LCR et la présence éventuelle d’une RT-PCR EV. Nos résultats peuvent être utiles aux cliniciens et aux laborantins qui cherchent à optimiser leur utilisation des tests d’acide nucléique EV.

L’objectif principal de notre étude était la relation entre le nombre de leucocytes dans le LCR et les résultats de la RT-PCR EV. Nous avons voulu déterminer la proportion de patients présentant à la fois une infection du SNC par EV et une numération leucocytaire élevée dans le LCR. Nous avons également cherché à déterminer la proportion de patients présentant une numération leucocytaire élevée dans le LCR qui était due à l’infection par EV. Nos données montrent que ces deux proportions sont fortement influencées par l’âge. La constatation d’une absence de pléiocytose dans les échantillons de LCR positifs pour l’ARN de l’EV était largement limitée aux enfants de moins de 2 mois et était assez fréquente (28 %) dans ce groupe d’âge, reflétant probablement l’immaturité immunologique de ces patients. Il est tentant de supposer que la réponse chimiokine nécessaire au recrutement des leucocytes sur le site de l’infection ne s’était pas encore développée chez ces patients. Parmi les patients plus âgés, moins de 2 % de ceux qui présentaient une infection du SNC par EV ne présentaient pas de pléiocytose. Inversement, la constatation d’une pléiocytose dans le LCR avec une RT-PCR négative pour l’EV était plus fréquente parmi les échantillons provenant de patients plus âgés. Il n’est pas surprenant que cette constatation ait également été plus fréquente pendant la saison où une flambée importante de la maladie du VNO s’est produite dans la région desservie par notre laboratoire.

Des études antérieures plus petites se sont également concentrées sur une comparaison des résultats de la RT-PCR EV et des paramètres du LCR. Henquell et al. (5) ont fait état de 61 patients présentant des symptômes de méningite et ont comparé les résultats de la culture et de la PCR des VE aux résultats du LCR. Cinquante-six des 61 patients (92%) étaient positifs à la PCR, mais 9 patients qui avaient >1,5 ans avaient un nombre de cellules dans le LCR de <10 cellules/mm3 et étaient positifs à la PCR ou à la culture. Ainsi, dans leur étude, la corrélation entre la pléiocytose et la positivité de l’EV par RT-PCR n’était pas bonne. Böttner et al. (2) ont fait un rapport sur une cohorte de 70 patients présentant des symptômes de méningite pendant l’été 2000. Dans cette étude, 29 (46 %) des 61 tests RT-PCR EV sur le LCR étaient positifs. Le nombre de cellules du LCR variait de 2 à 1 820 cellules/mm3, avec une moyenne de 151. Les auteurs ont indiqué qu’il n’y avait pas de différences dans les résultats de laboratoire entre les patients de leur étude qui étaient positifs à la RT-PCR EV et ceux qui étaient négatifs, mais ils n’ont pas fourni de numération cellulaire détaillée dans le LCR. L’explication des différences entre les résultats de ces études et ceux de la présente étude n’est pas claire, mais elle pourrait refléter des différences biologiques dans les VE détectées ou des caractéristiques de performance différentes des tests RT-PCR de VE.

L’un des aspects intéressants de la présente étude est d’attirer l’attention sur les causes de la pléiocytose du LCR chez les patients dont le test RT-PCR de VE est négatif. Une explication possible est que le test ne détecte pas toutes les infections par EV. Nous ne connaissons pas la sensibilité analytique (moléculaire) réelle du test de Chemicon en termes de capacité à détecter de faibles niveaux d’ARN viral. Nous avons étudié la sensibilité et constaté qu’elle était de l’ordre de 2,0 fois la dose infectieuse de 50 % d’une culture tissulaire, mais nous ne savons pas combien de génomes de VE cela représente, ni combien de particules non infectieuses sont produites lors d’une infection aiguë dans le LCR humain. Cependant, il est peu probable que ce soit la seule explication puisque, dans notre étude, 21 des 148 patients (14 %) qui avaient ≤2 mois et 169 des 549 patients (31 %) qui avaient >2 mois présentaient une pléiocytose et étaient négatifs à la RT-PCR des EV. Les amorces et la sonde utilisées dans notre étude se sont avérées capables de détecter tous les EV, sauf 6, parmi les 64 connus qui infectent les humains (13). Un VE, le coxsackievirus A15, n’était pas disponible pour être testé, et deux autres qui n’ont pas été détectés avec cette combinaison d’amorces et de sondes, les échovirus 22 et 23, ont depuis été reclassés comme parechovirus (16). Les six VE qui n’ont pas été détectés sont épidémiologiquement rares. D’autres infections, comme le HSV, l’EBV et le WNV, ont été diagnostiquées chez certains des patients présentant une pléiocytose, mais elles ne représentaient que 18 infections, soit 23 % de tous les patients de cette étude présentant une pléiocytose et une RT-PCR EV négative en 2002 (n = 77). Il est possible que certains des patients restants aient été infectés par d’autres agents infectieux, tels que les parechovirus (16). De plus, certains des cas de pléiocytose observés dans cette étude peuvent être dus à des causes non infectieuses de pléiocytose, notamment des réactions à des médicaments tels que le cotrimoxazole, les agents anti-inflammatoires non stéroïdiens et l’immunoglobuline intraveineuse. Une infection bactérienne des voies urinaires a également été impliquée comme cause de pléiocytose du LCR chez les enfants (18).

L’utilisation des niveaux de protéines du LCR comme indicateur de la positivité de la RT-PCR EV a été envisagée. Cependant, les données ont montré que le taux de protéines du LCR n’était ni sensible ni spécifique lorsqu’il était utilisé seul, et qu’il n’augmentait pas non plus la sensibilité ou la spécificité lorsqu’il était utilisé conjointement avec la pléiocytose. Les courbes de caractéristiques d’exploitation du récepteur ont montré que le taux de protéines du LCR seul n’avait jamais une spécificité supérieure à 80 % à aucun des seuils étudiés, et dans aucun groupe d’âge ni à aucun des trois niveaux étudiés, la sensibilité et la spécificité n’étaient supérieures à 80 %. La meilleure corrélation entre les niveaux de protéines du LCR et la positivité de la RT-PCR EV s’est produite chez les patients qui avaient > 2 mois à 80 % du seuil normal, où la sensibilité était de 68 % et la spécificité de 78 %.

La circulation du VNO dans la communauté au cours de la saison EV 2002 était potentiellement un facteur de confusion dans l’utilisation des marqueurs du LCR comme corrélats de la positivité de la RT-PCR EV. En effet, les données du test z du tableau33 confirment qu’il y avait des différences significatives entre les données des saisons 2001 et 2002 sur les spécificités de la pléiocytose seule ou de la pléiocytose et/ou du niveau élevé de protéines comme corrélats de la positivité de la RT-PCR EV, peut-être en raison de la présence du WNV à St. Louis pendant la saison 2002. En 2002, 67 échantillons de LCR provenant de patients âgés de >2 mois et présentant une pléiocytose ont été négatifs par EV PCR. Parmi ceux-ci, 10 (15 %) étaient positifs pour le VNO et 18 (27 %) étaient positifs pour le VNO ou un autre virus. Si ces 18 faux positifs étaient retirés des calculs de 2002, la spécificité et la VPP passaient de 56 % et 23 %, respectivement, à 63 % et 29 %. La spécificité et la VPP pour tous les échantillons provenant de patients âgés de >2 mois en 2001 étaient respectivement de 62 % et 66 %. L’élimination des faux positifs attribuables à la présence d’autres virus n’explique toujours pas la baisse de la VPP entre 2001 et 2002. D’autres facteurs inconnus doivent être à l’œuvre. Ainsi, la présence d’une autre cause (infectieuse ou non) de pléiocytose du LCR dans la communauté diminue la capacité du laboratoire à prédire la positivité de l’EV sur la base des résultats du LCR.

En plus d’attirer l’attention sur les causes de pléiocytose du LCR autres que l’infection par l’EV, les résultats de cette étude ont deux applications pratiques. La première est que les laboratoires effectuant la RT-PCR EV peuvent utiliser la comparaison des résultats de la RT-PCR avec les numérations cellulaires du LCR pour développer des paramètres qui peuvent être utilisés dans le cadre d’un programme d’assurance qualité pour ce test. D’après notre expérience, la RT-PCR EV devrait être positive chez environ 75 % des nourrissons âgés de moins de 2 mois présentant une pléiocytose dans le LCR, chez environ 65 % des nourrissons et des enfants âgés de 2 mois à 18 ans présentant une pléiocytose dans le LCR et chez environ 25 % des patients âgés de plus de 18 ans présentant une pléiocytose dans le LCR. Ces chiffres sont obtenus en utilisant les données des deux saisons où le VNO était absent ou peu fréquent. La circulation d’arbovirus connus ou nouveaux ou d’autres virus susceptibles de provoquer une méningite doit être prise en compte dans l’analyse des données relatives à cette métrique, car elle entraînera une diminution de la proportion de patients présentant une pléiocytose et dont le résultat de la RT-PCR EV est positif. Les laboratoires qui ne respectent pas cette norme peuvent bénéficier de l’étude de la sensibilité analytique de leur test, mais doivent également être attentifs à la présence éventuelle d’autres agents susceptibles de provoquer une pléiocytose du LCR.

Une deuxième métrique qui peut être utilisée pour le contrôle de la qualité est que le test RT-PCR EV doit être négatif chez environ 98 % des patients âgés de plus de 2 mois qui ne présentent pas de pléiocytose du LCR, et chez environ 70 % des patients âgés de moins de 2 mois sans pléiocytose. La détection de l’ARN des VE chez un pourcentage plus élevé de patients qui ne présentent pas de pléiocytose devrait inciter les laboratoires à se demander s’il n’y a pas une contamination par PCR. Il convient toutefois de noter que ces pourcentages varieront probablement d’une région à l’autre, d’une population de patients à l’autre, d’un test de diagnostic à l’autre et d’une saison à l’autre, éventuellement en fonction de l’EV qui circule.

La deuxième application pratique des résultats de la présente étude est que les laboratoires peuvent utiliser ces données pour établir des critères permettant de maximiser l’efficacité des tests RT-PCR EV. Par exemple, étant donné que l’absence de pléiocytose a une valeur prédictive de plus de 98 % pour un résultat négatif de la RT-PCR chez les patients âgés de plus de 2 mois, les laboratoires peuvent choisir d’établir un seuil pour le test RT-PCR EV basé sur la présence ou l’absence de pléiocytose. En utilisant les données de la présente étude, l’application de ce seuil aurait abouti à l’exclusion de 223 des 549 échantillons (sur la base des 549 échantillons provenant de patients âgés de >2 mois pour lesquels une numération cellulaire du LCR était disponible), avec un échec de détection de seulement 3 échantillons positifs (1,3 %) qui auraient été dans le groupe exclu de 223 échantillons. Les trois patients présentant une infection par EV mais pas de pléiocytose étaient âgés de 5 mois, 10 ans et 15 ans. L’un de ces patients (celui de 10 ans) était suspecté d’avoir une méningite à EV en raison d’une raideur de la nuque, mais les deux autres présentaient des symptômes moins clairement associés à la méningite. Le patient de 10 ans aurait probablement été testé pour l’EV sur la base d’une suspicion clinique plutôt que d’une pléiocytose du LCR, mais les deux autres n’auraient peut-être pas été testés. Pour les trois cas, le résultat positif de la PCR pour le VE n’a pas eu d’impact significatif sur la gestion du cas. Si une mesure telle que nous l’avons suggérée est adoptée, nous recommandons de l’appliquer aux patients âgés de plus de 2 mois et de s’assurer qu’il existe un mécanisme permettant de réaliser des tests dans les cas individuels présentant une forte suspicion clinique d’infection à EV, indépendamment de l’âge du patient ou de la présence d’une pléiocytose du LCR. De toute évidence, un programme de dépistage basé sur la pléiocytose du LCR n’est pratique que pour les laboratoires dont l’accès aux données de numération cellulaire du LCR est suffisamment rapide pour que l’application du critère de dépistage ne retarde pas la réalisation du test. Des études antérieures ont clairement démontré que les tests EV doivent être réalisés très rapidement pour avoir un impact sur la prise de décision clinique (14).