Posé le 11 mai 2017 par Julian R. Marchesi

Un microbiome est la communauté de micro-organismes vivant ensemble dans un habitat particulier. Les humains, les animaux et les plantes ont leurs propres microbiomes uniques, mais aussi les sols, les océans et même les bâtiments. Regardez notre courte animation pour en savoir plus.

Les microbiomes des choses

« Mais comment se fait-il que nous soyons maintenant soudainement si excités par la recherche sur les microbiomes et ce qu’ils font ? L’une des explications les plus simples est que nous disposons désormais des outils qui nous permettent de capturer, à différents niveaux omiques, par exemple les génomes, les transciptomes et les métabonomes, un microbiome entier ainsi que son microbiote et son métagénome. Nous pouvons examiner un système dans le temps et à partir de plusieurs échantillons, et pour la première fois déterminer qui est là et ce qu’il fait potentiellement, et ce que nous avons trouvé est stupéfiant. Nous sommes maintenant en mesure d’adopter une approche holistique plutôt que réductionniste pour essayer d’expliquer comment différents microbiomes sont impliqués dans la fonction de l’écosystème et du biosystème.

L’une des caractéristiques de la recherche sur le microbiome est qu’elle repose sur un modèle de recherche multidisciplinaire, contrairement à la microbiologie traditionnelle, où un scientifique peut faire carrière en étudiant une seule espèce. Dans la recherche sur le microbiome, en raison de la taille et de la complexité des ensembles de données, le microbiologiste a besoin, par exemple, de chimistes biologiques pour créer les données des profils de métabolites, et de physiciens pour l’aider à donner un sens à ces données et à répondre à la question de recherche posée en premier lieu.

Pour la première fois, nous pouvons commencer à essayer de cartographier les interactions entre les différents microbes et le système environnant, et cette approche fait apparaître des notions difficiles – par exemple, qu’est-ce que la biologie des mammifères ? Auparavant, nous aurions considéré qu’il s’agissait de l’interaction entre le génome de l’hôte et l’environnement, mais nous devons maintenant inclure le métagénome du microbiote avec lequel nous avons co-évolué. »

Vous pouvez en savoir plus sur les microbiomes dans le numéro actuel de Microbiology Today.

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