« Sweet Home Alabama » a été écrite en réponse à deux chansons de Neil Young, « Southern Man » et « Alabama », qui abordaient les thèmes du racisme et de l’esclavage dans le Sud américain. « Nous pensions que Neil tirait sur tous les canards afin d’en tuer un ou deux », a déclaré Ronnie Van Zant à l’époque. L’extrait suivant montre la mention de Neil Young dans la chanson :

Bien, j’ai entendu Mister Young chanter à son sujet
Bien, j’ai entendu ol’ Neil la mettre à terre
Bien, j’espère que Neil Young s’en souviendra
Un homme du Sud n’a pas besoin de lui dans les parages de toute façon

Dans son autobiographie de 2012, Waging Heavy Peace, Young a commenté son rôle dans la création de la chanson, écrivant « Ma propre chanson ‘Alabama’ méritait amplement le coup de feu que Lynyrd Skynyrd m’a donné avec leur grand disque. Je n’aime pas mes mots quand je l’écoute. Ils sont accusateurs et condescendants, pas entièrement réfléchis, et trop faciles à mal interpréter ». Ronnie Van Zant, quant à lui, a porté un t-shirt Neil Young (avec l’image de la pochette du LP Tonight’s the Night de Young) à plusieurs reprises, par exemple lors du concert au Oakland Coliseum Stadium, en Californie, le 7 février 1977 et également sur la pochette du LP Street Survivors.

L’autre réponse de Van Zant était également controversée, avec des références au gouverneur de l’Alabama, George Wallace (un partisan notoire de la ségrégation) et au scandale du Watergate :

À Birmingham, ils aiment le gouverneur (boo boo boo)
Maintenant nous avons tous fait ce que nous pouvions faire
Maintenant le Watergate ne me dérange pas
Votre conscience vous dérange-t-elle ?
Dites la vérité
…
Sweet home Alabama, oh, sweet home baby
Where the skies are so blue and the governor’s true

Il a été souligné que le choix de Birmingham en lien avec le gouverneur (plutôt que la capitale Montgomery) est significatif de la controverse car « En 1963, la ville a été le théâtre d’un activisme massif en faveur des droits civiques, alors que des milliers de manifestants menés par Martin Luther King, Jr. cherchaient à déségréger les commerces du centre-ville… a été le théâtre de certaines des réactions les plus violentes au mouvement des droits civiques. Le chef de la police ségrégationniste Bull Connor a lâché des chiens d’attaque et des canons à eau à haute pression contre des marcheurs pacifiques, y compris des femmes et des enfants ; quelques semaines plus tard, des membres du Ku Klux Klansmen ont bombardé une église noire, tuant quatre petites filles. » En 1975, Van Zant a déclaré : « Les paroles concernant le gouverneur de l’Alabama ont été mal comprises. Le grand public n’a pas remarqué les mots ‘Boo ! Boo ! Boo!’ après cette ligne particulière, et les médias n’ont retenu que la référence au fait que les gens aimaient le gouverneur. » « La réplique ‘Nous avons tous fait ce que nous pouvions faire’ est en quelque sorte ambiguë », note Al Kooper. « ‘Nous avons essayé de sortir Wallace de là’ est l’idée que je m’en suis toujours faite. » Vers la fin de la chanson, Van Zant ajoute « where the governor’s true » au refrain « where the skies are so blue », une phrase rendue ironique par les huées précédentes du gouverneur. Le journaliste Al Swenson soutient que la chanson est plus complexe qu’on ne le croit parfois, suggérant qu’elle ne ressemble qu’à un soutien à Wallace. « Wallace et moi avons très peu de choses en commun », a déclaré Van Zant lui-même, « Je n’aime pas ce qu’il dit sur les gens de couleur. »

Compliquant encore la politique raciale de la chanson, le fait que Merry Clayton et Clydie King, deux chanteurs de studio afro-américains bien connus, ont servi de choristes sur le morceau. Dans une interview de 2013, Clayton a longuement parlé de sa décision d’accepter ce travail. Dans son souvenir, sa première réponse a été négative :  » a dit que la chanson était ‘Sweet Home Alabama’. Il y a eu un silence au téléphone pendant un bon moment. J’ai dit : « Clydie, tu es sérieuse ? Je ne chanterai rien sur la « Sweet Home Alabama » de personne. Point final. » Néanmoins, Clayton a été persuadé d’accepter le travail, pour « laisser la musique être une protestation. »

Les historiens de la musique qui examinent la juxtaposition de l’invocation de Richard Nixon et du Watergate après Wallace et Birmingham notent qu’une lecture des paroles est une « attaque contre les libéraux qui étaient si outragés par la conduite de Nixon » tandis que d’autres l’interprètent régionalement : « le groupe s’exprimait au nom de tout le Sud, disant aux gens du Nord, nous ne vous jugeons pas en tant que citoyens ordinaires pour les échecs de vos dirigeants dans le Watergate ; ne nous jugez pas tous en tant qu’individus pour les problèmes raciaux de la société du Sud ».

Ed King, le coauteur de la chanson, a contredit ses anciens compagnons de groupe dans un post de 2009 sur son site web. Il a affirmé que l’air était à l’origine destiné à être la défense non feinte de l’Alabama, voire du gouverneur Wallace, que la quasi-totalité de la chanson semble être :

Je peux comprendre où le « boo boo boo » serait mal compris. Ce ne sont pas les USA qui font « boo »… c’est ce que l’homme du Sud entend l’homme du Nord dire chaque fois que l’homme du Sud dirait « A Birmingham on aime le gov’nor ». Tu comprends ? « On a tous fait ce qu’on pouvait faire ! » pour faire élire Wallace. Ce n’est pas une opinion populaire mais Wallace représentait le Blanc moyen du Sud. « Le Watergate ne me dérange pas » parce que ces choses arrivent en politique… mais la conscience de quelqu’un devrait le déranger pour ce qui est arrivé à Wallace. Arthur Bremer était peut-être ou non un Yankee, mais il a détruit toutes les chances de Wallace d’être président. Et presque personne en Amérique ne l’a remarqué. J’aime toujours la plaque qui est accrochée ici dans mon bureau et qui dit que je suis un membre honoraire de la Milice de l’Etat d’Alabama… signée personnellement par George C. Wallace. Bien sûr, l’homme avait ses défauts. Mais il parlait au nom de l’homme ordinaire du Sud. Et, whoa, je vais avoir des problèmes avec tout ce post dang ! »