Dans ce blog, nous utilisons habituellement des thermes liés à la classification des êtres vivants et à leur phylogénie. En raison de la difficulté de ces thermes, dans ce post nous allons les expliquer pour ceux qui introduisent le sujet.

Avant d’introduire dans le sujet, il est nécessaire d’expliquer deux concepts, qui sont généralement confondus : la systématique et la taxonomie.

La systématique est la science de la classification et de la reconstruction de la phylogénie, cela signifie qu’est responsable de la reconstruction de l’origine et de la diversification d’un taxon (unité que l’on veut classer, comme une espèce, une famille ou un ordre).

D’autre part, la taxonomie est l’étude des principes de la classification scientifique, de l’ordre et du nom des organismes.

En d’autres termes, alors que la systématique est chargée de créer des systèmes de classification, qui sont représentés par des arbres, la taxonomie établit les règles et les méthodes pour identifier, nommer et classer chaque espèce dans les différentes catégories taxonomiques basées sur la systématique.

A PROPOS DES ESPÈCES ET AU-DELÀ

On ne peut pas commencer à parler de la façon de classer les espèces sans savoir ce qu’est une espèce et les autres niveaux de classification des organismes.

Qu’EST-CE QU’UNE ESPÈCE ?

Au cours de l’histoire, on a donné plusieurs définitions au concept d’espèce avec des approches différentes.

• Concept morphologique de l’espèce : une espèce est un groupe d’organismes ayant des caractéristiques fixes et essentielles qui représentent un modèle ou un archétype. Ce concept est totalement écarté de nos jours, bien que les caractéristiques morphologiques soient utilisées dans les guides pour identifier les espèces.

• Concept biologique d’espèce : une espèce est un groupe de populations naturelles qui se reproduisent entre elles et isolées sur le plan reproductif et qui ont leur propre niche dans la nature. Ainsi, une espèce a des ancêtres communs et partage des traits de variation graduelle. Cette définition présente quelques problèmes : elle n’est applicable qu’aux espèces à reproduction sexuée et elle n’est pas applicable aux espèces éteintes.
• Concept évolutif de l’espèce : une espèce est une lignée unique de populations ancêtres-descendants qui maintient son identité face aux autres lignées et qui a ses tendances évolutives et sa destination historique. Cette approche et l’approche biologique sont, en fait, complémentaires car elles parlent de phénomènes différents.
• Concept phylogénétique de l’espèce : selon ce point de vue, une espèce est un groupe irréductible d’organismes, diagnostiquement distinguable d’autres groupes similaires et à l’intérieur duquel il existe un modèle parental d’ancêtres et de descendants. Ce point de vue couvre la reproduction sexuée et asexuée.

BEYOND SPECIES

Les espèces sont classées dans un système hiérarchique basé sur plus de catégories taxonomiques. De la catégorie la plus élevée à la plus basse, les organismes peuvent être classés en : Domaine> Royaume> Phylum> Classe> Ordre>. Famille> Genre> Espèce> Sous-espèce> Variété> Forme.

Nous donnons un exemple : imaginez des chiens. Les chiens, comme le loup, sont inclus dans la même espèce : Canis lupus, mais le chien est la sous-espèce Canis lupus familiaris. La dénomination d’une espèce est son genre (Canis) suivi de l’épithète spécifique (lupus). Les autres catégories taxonomiques du chien sont : Le domaine Eukarya, le royaume animal, l’embranchement des Chordata, le sous-embranchement des Vertebrata, la classe des Mammalia, l’ordre des Carnivora et la famille des Canidae.

COMMENT EST RECONSTITUÉ L’ARBRE DE VIE?

Pour reconstituer l’arbre de vie, c’est-à-dire les relations entre les espèces vivantes et éteintes (phylogénie), on utilise les traits. Les traits sont des caractéristiques des organismes qui sont utilisées pour étudier la variation à l’intérieur d’une espèce et entre elles.

Pour reconstruire la phylogénie, on utilise les traits partagés entre différents taxons. Il faut distinguer deux types de similitude : lorsque la similitude des traits résulte d’une lignée commune, on parle d’homologie, tandis que lorsqu’elle ne résulte pas d’un ancêtre commun, on parle d’homoplasie.

Probablement, il sera plus facile de le comprendre avec un exemple. Les ailes des hiboux et des cailles se ressemblent car elles ont la même origine (homologie), mais les ailes des insectes, des oiseaux et des chauves-souris, bien qu’elles aient la même fonction, n’ont pas la même origine (homoplasie).

Il existe trois types d’homoplasie :

• Parallélisme : l’état ancestral d’un caractère variable (plésiomorphe) est présent chez l’ancêtre commun, mais l’état dérivé (apomorphe) a évolué indépendamment. Un exemple est le développement d’un cœur à quatre cavités chez les oiseaux et les mammifères.
• Convergence : dans ce cas, le trait homoplastique n’est pas présent chez l’ancêtre commun. Les structures issues de la convergence sont appelées analogies. Un exemple est les ailes des insectes et des oiseaux.
• Perte secondaire ou réversion : consiste en la réversion d’un trait vers un état qui semble ancestral. Ainsi, il a l’apparence d’un état ancien mais, en fait, il est dérivé.

Il existe différents types de traits utilisés pour ordonner les êtres vivants : morphologiques, structurels, embryologiques, paléontologiques, éthologiques, écologiques, biochimiques et moléculaires.

Les espèces qui partagent des états dérivés d’un trait constituent des clades et le trait est appelé synapomorphie. Les synapomorphies sont des traits qui trouvent leur origine chez un ancêtre commun et qui sont présents chez cet ancêtre et tous ses descendants. Ainsi, les glandes mammaires sont une synapomorphie des mammifères.

Après la sélection des caractères, les plusieurs écoles de classification les utilisent de différentes manières pour obtenir le meilleur rapport entre les êtres vivants.

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