Arcebispo John Murphy Farley encomendou a paróquia em 1907, comprando todo o bloco da cidade por $58.000. A pedra angular foi lançada a 31 de Maio de 1908, pelo Cardeal Logue, Arcebispo de Armagh, que estava de visita por ocasião do centenário da Arquidiocese de Nova Iorque. O edifício foi solenemente dedicado a 21 de Fevereiro de 1909. Terence James Cooke (mais tarde Arcebispo de Nova Iorque) serviu ali como coadjutor nos anos 50.
A paróquia tem sido proeminente ao servir o seu bairro de baixos rendimentos, em parceria com Santo António de Pádua. Destacam-se o pastor de longa data Louis R. Gigante – irmão do famoso gangster Vincent “o Chin” Gigante – que fundou a Simpson Street Development Association em 1967; e a Irmã Miriam Thomas. Thomas, uma freira que veio para St. Athanasius em 1962 como professora, e que se juntou a Gigante para fundar a South East Bronx Community Organization (SEBCO) em 1968. A SEBCO recolhe fundos federais da Secção 8 para converter edifícios abandonados em habitações acessíveis. Outro grupo de activistas de bairro, os Desperadoses de Mid-Bronx, foi co-fundado pelo sacerdote William Smith de St. Athanasius em 1974 Em 1985, Thomas organizou mesmo o primeiro desfile de Halloween do Bronx Sul, em 1985
A 105-unit affordable housing development que a SEBCO construiu na última parcela de terreno de propriedade da cidade no Bronx Sul foi o Sister Thomas Apartments em 2008. Na dedicatória, a New York State Housing Finance Agency declarou que “Nos anos 60 e 70, a secção Hunts Point do Bronx Sul era um lugar desolado forrado com as carcaças de edifícios ainda a arder do último incêndio…. O único refúgio foi Santo Atanásio e os seus sacerdotes e freiras, que se tornaram faróis de esperança e líderes do movimento pelos direitos dos inquilinos….”
No entanto, a Irmã Tomás e a feira da ladra que organizou durante muito tempo foram expulsos da paróquia sem cerimónia em 2010, dividindo a comunidade, pouco depois da chegada de um novo pastor. Muitos paroquianos participaram em protestos contra a mudança, enquanto outros defenderam o novo pároco.