Yonaguni está tão perto de Taiwan como de Ishigaki; contudo, a única forma de aceder a Yonaguni é a partir de Naha ou Ishigaki, os principais centros de transporte das Ilhas Okinawa e das Ilhas Yaeyama, respectivamente.
Como chegar à Ilha Yonaguni
Por via aérea a partir de Naha (como chegar a Naha)
Ryukyu Air Commuter (RAC), membro do Grupo JAL, opera um voo diário entre o Aeroporto de Naha e o Aeroporto de Yonaguni. A duração do voo é de cerca de 75 minutos. A tarifa normal de ida é cerca de 35.000 ienes, enquanto as tarifas com desconto estão normalmente disponíveis por cerca de 20.000 ienes.
Por via aérea a partir de Ishigaki (como chegar a Ishigaki)
Ryukyu Air Commuter (RAC), membro do Grupo JAL, opera três voos diários entre o Aeroporto de Ishigaki e o Aeroporto de Yonaguni. A duração do voo é de cerca de 30 minutos. A tarifa normal de ida custa cerca de 13.000 ienes, enquanto as tarifas com desconto estão normalmente disponíveis por cerca de 8.000 ienes.
Por ferry de Ishigaki (como chegar a Ishigaki)
Duas vezes por semana, um ferry de carro faz a viagem entre Ishigaki e o porto de Kubura no extremo ocidental da ilha de Yonaguni. A viagem de ida demora cerca de 4,5 horas e custa 3550 ienes. Uma tarifa de ida e volta está disponível por 6750 ienes e deve ser utilizada no prazo de 14 dias. O custo de trazer um carro de tamanho médio para o ferry é de cerca de 30.000 ienes de ida.
Como contornar a ilha de Yonaguni
Há uma estrada que percorre o perímetro da ilha de Yonaguni e liga o aeroporto de Yonaguni, as três aldeias e a maioria das atracções da ilha umas com as outras, bem como algumas estradas que atravessam a ilha.
Um autocarro comunitário gratuito circula cerca de uma vez de duas em duas horas ao longo da metade ocidental da ilha e serve as três aldeias. Para além do autocarro público, estão disponíveis na ilha veículos de aluguer como carros e ciclomotores. Um carro compacto custa cerca de 5000 ienes por dia, enquanto um ciclomotor custa cerca de 3000 ienes. As reservas antecipadas são fortemente recomendadas uma vez que o número de veículos é limitado.
Bicicletas de aluguer estão também disponíveis nas lojas de aluguer ou no seu alojamento. São necessárias cerca de três a quatro horas para percorrer a ilha de bicicleta, e recomenda-se uma bicicleta com assistência eléctrica devido à distância e ao terreno montanhoso em algumas partes da ilha. Custa entre 1500 e 3000 ienes alugar uma bicicleta durante 24 horas.
Como chegar e circundar as ilhas Yaeyama