La spettrometria di massa (MS) MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time Of Flight) è un metodo comune utilizzato per il controllo di qualità (QC) degli oligonucleotidi. La strumentazione MALDI-TOF è adatta per l’uso in impostazioni di QC industriale ad alta produttività e può risolvere molecole nella gamma di dimensioni degli oligonucleotidi. Anche se piccoli rispetto agli acidi nucleici da fonti biologiche, gli oligonucleotidi sintetici sono comunque molecole relativamente grandi, con dimensioni che vanno da circa 6000 dalton per un 20mer a 30.000 dalton per un 100mer. MALDI-TOF è utile per i composti fino a ~ 15.000 dalton, o circa un oligonucleotide di 50mer. I campioni superiori a 15.000 dalton non si ionizzano e non volano efficacemente e, inoltre, sono al di fuori della gamma di risoluzione ottimale di questi strumenti. La MS Electrospray Ionization-Time of Flight (ESI-TOF) può risolvere oligonucleotidi più lunghi, fino a 80 nt. Nella tecnologia MALDI sottostante, il campione di oligonucleotide viene miscelato con un vettore o matrice (acido picolinico) e viene depositato su una griglia. Lo strumento MALDI-TOF utilizza impulsi di luce laser per vaporizzare l’oligo/matrice in un processo noto come desorbimento. Durante questo processo, alcune molecole vengono ionizzate attraverso la protonazione. L’impulso laser può anche frammentare la molecola in una varietà di particelle cariche e neutre (che possono portare a bande spurie o artefatti nello spettro risultante). Nella spettrometria di massa a tempo di volo (TOF), le molecole oligo ionizzate sono accelerate da un campo elettrostatico nell’analizzatore di massa a un’energia cinetica comune. Con la stessa energia cinetica, gli ioni più leggeri viaggiano più velocemente e quelli più pesanti più lentamente. Le particelle ionizzate entrano da un’estremità del tubo TOF, e il numero di ioni che raggiungono un rivelatore all’altra estremità è registrato in modo dipendente dal tempo. Gli ioni più leggeri raggiungono il rivelatore per primi e i più pesanti arrivano per ultimi. L’intero spettro di massa viene registrato in una frazione di secondo come flusso di ioni in funzione del tempo. IDT è stata pioniera nell’uso dell’analisi MS degli oligonucleotidi e nel corso degli anni ha fornito tracce MALDI-TOF MS come controllo di routine su tutte le sonde e i primer standard, nonché per gli oligo modificati e purificati in HPLC e PAGE più complessi. Mentre molti altri fornitori di oligonucleotidi stanno iniziando solo ora a fornire MALDI-TOF MS per i loro prodotti, IDT ha spostato le nostre analisi MS all’uso di strumenti a ionizzazione Electrospray (ESI). Come notato in precedenza, la tecnologia ESI mantiene l’accuratezza di massa, la risoluzione e la sensibilità su una gamma più ampia di dimensioni del nucleotide (Hail ME, Elliott B et al). La conversione da MALDI a ESI permette a IDT di fornire ai clienti una maggiore precisione di massa per qualsiasi oligo che sintetizziamo fino a 200 basi. Riferimento: Hail ME, Elliott B, e Anderson A. (2004) Analisi ad alta produttività di oligonucleotidi utilizzando la spettrometria di massa automatizzata a ionizzazione elettrospray. Am Biotech Lab, 22: 12-14.