Islamabad divenne ufficialmente la capitale del Pakistan il 14 agosto 1967, esattamente 20 anni dopo l’indipendenza del paese. La prima capitale del Pakistan fu la città costiera di Karachi nel Sindh, scelta da Muhammad Ali Jinnah. Karachi era ed è tuttora la città più grande e la capitale economica del Pakistan. Rimase la sede del governo fino al 1959, quando il presidente militare, Ayub Khan, decise di costruire una nuova capitale, Islamabad, nel nord del Pakistan, vicino al quartier generale delle forze armate pakistane che è a Rawalpindi. Durante questo processo, Rawalpindi fu la capitale provvisoria. Il nome di Islamabad fu influenzato dal nome Mughal della città portuale bengalese di Chittagong che era Islamabad.

Nel 1962, Dhaka fu fatta capitale legislativa del paese a causa dell’alta popolazione del Pakistan orientale.

Le ragioni per trasferire la capitale da Karachi sono che avrebbe riflesso la diversità del popolo pakistano, sarebbe stata separata dagli affari e dalle attività commerciali di Karachi, e sarebbe stata facilmente accessibile da tutte le parti del paese. Il trasferimento a Islamabad non fu completato fino alla fine degli anni ’60 e per alcuni anni diversi ministeri governativi ebbero sede nella vicina Rawalpindi.