1798 La chiesa e altri edifici furono completati in adobe con tetti di fango e tule.
1803 Posa della prima pietra per una chiesa più grande, necessaria sia per i danni del terremoto alla prima chiesa che per il gran numero di nativi americani che venivano alla missione.
1808 Padre Felipe del Arroyo de la Cuesta amplia i piani della chiesa per includere tre navate.
1812 23 giugno, inaugurazione della nuova chiesa. Diversi terremoti avevano convinto padre Arroyo a far riempire gli archi che separavano le navate, creando una chiesa ad una sola navata.
1814 La città comincia a crescere intorno alla missione. Una piazza fu allestita davanti alla missione e una caserma di adobe per i soldati fu costruita dall’altra parte della piazza.
1835 Missione secolarizzata; le terre furono prese dal governo; i sacerdoti continuarono a prestare servizio lì.
1859 55 acri di terra e gli edifici rimanenti tornarono alla Chiesa Cattolica.
1867 Padre Rubio inizia un periodo di ampia modernizzazione: aggiunta del campanile, muri interni e pavimento ricoperti di legno.
Post 1906 Anche se costruita proprio sulla linea di faglia di San Andreas, la missione ha subito relativamente pochi danni dal terremoto del 1906, forse perché gli archi interni erano stati riempiti. Gli edifici sono stati successivamente rinforzati con acciaio e cemento.
1949-1950 La torre di stucco fu rimossa e le campane furono rimesse su una traversa. Anche l’interno fu restaurato alle condizioni del 1820.
1976 I lavori di ristrutturazione comprendono l’apertura degli archi nelle navate laterali; viene aggiunto il muro delle campane; la zona della cucina viene restaurata; il museo con i manufatti del passato della Missione.
Per saperne di più sulla missione, visita il loro sito web oldmissionsjb.org/history e missionscalifornia.com/mission-facts/san-juan-bautista