Nata da William O’Neale, il proprietario di una pensione di Washington e da sua moglie Rhoda, la giovane Margaret e i suoi cinque fratelli e sorelle erano molto conosciuti nella Washington politica. I principali deputati e senatori soggiornavano presso lo stabilimento O’Neale (più tardi chiamato Franklin House), e Margaret divenne particolarmente popolare grazie al suo bell’aspetto e alla sua personalità. Frequentò una delle principali scuole della città e ricevette lezioni di pianoforte e di danza. Quando divenne un’adolescente, uomini giovani e vecchi cominciarono a gettarsi su di lei. Dopo che tentò di fuggire con uno di loro, il padre preoccupato la mise in un collegio a New York City sotto l’occhio vigile di DeWitt Clinton. Rimase lì solo per poco tempo prima di convincere il padre che le sarebbe stato permesso di tornare a casa.
Dopo un vorticoso corteggiamento, sposò un commissario di marina di nome John B. Timberlake il 18 luglio 1816. Da lui ebbe tre figli, ma la sua incapacità di sopravvivere finanziariamente nel negozio che aveva aperto a Washington lo costrinse a tornare in mare. Lei rimase a casa con i bambini, aiutando la sua famiglia nella pensione e nella taverna associata.
In questo periodo cominciarono a circolare voci che lei era stata a lungo una donna dissoluta e lo stava dimostrando attraverso una relazione illecita con un pensionante, un certo John Henry Eaton, senatore del Tennessee e amico intimo di Andrew Jackson. Quando Timberlake si suicidò e lei e Eaton si sposarono poco dopo, questo matrimonio fu considerato una prova più che adeguata della sua immoralità senza vergogna.
Eaton era stato a lungo vicino a Jackson come consigliere politico e amico, così, quando Old Hickory entrò nella presidenza, nominò Eaton suo segretario di guerra. La società di Washington e le mogli del gabinetto erano indignate che una persona con la reputazione di Peggy Eaton avesse una posizione così importante. Si rifiutarono di associarsi a lei, basando la loro posizione sul dovere della donna di proteggere la società dall’immoralità. Le Eaton e Jackson combatterono una battaglia di due anni per superare questo affronto, e la disputa sociale si trasformò rapidamente in una guerra politica. Nel 1831 Jackson costrinse il suo intero gabinetto a dimettersi, e una spaccatura irrevocabile si sviluppò tra lui e il suo vicepresidente, John C. Calhoun.
Fallito il tentativo di far tornare Eaton al Senato, Jackson lo nominò governatore del Territorio della Florida (1834-36) e successivamente lo fece ministro degli Stati Uniti in Spagna (1836-40). Margaret Eaton fu socialmente accettata in entrambi i luoghi e quando la coppia tornò a Washington nel 1840, ricevette un’accoglienza altrettanto amichevole. John Eaton stabilì una pratica legale di successo nella capitale della nazione e morì nel 1856.
La vedova, crescendo i quattro figli della figlia e del genero deceduti, sposò inaspettatamente Antonio Buchignani il 7 giugno 1859. Sebbene lei avesse cinquantanove anni e lui poco più che ventenne, vissero una vita apparentemente felice fino all’autunno del 1866, quando Buchignani scappò in Italia con i soldi della moglie e la nipote di lei (la sua figliastra). Fece l’errore di tornare negli Stati Uniti nel 1868, tuttavia, e la moglie tradita lo fece arrestare. Lui saltò la cauzione, lasciandola nell’indigenza. Lei divorziò da lui e passò gli ultimi anni della sua vita vivendo un’esistenza difficile a Washington, D.C., dove morì nel 1879.