L’arcivescovo John Murphy Farley commissionò la parrocchia nel 1907, acquistando l’intero isolato per 58.000 dollari. La prima pietra fu posta il 31 maggio 1908 dal cardinale Logue, arcivescovo di Armagh, in visita in occasione del centenario dell’arcidiocesi di New York. L’edificio fu solennemente dedicato il 21 febbraio 1909. Terence James Cooke (poi arcivescovo di New York) vi prestò servizio come curato negli anni ’50.

La parrocchia è stata a lungo prominente nel servire il suo quartiere a basso reddito, in collaborazione con Sant’Antonio di Padova. Degni di nota sono il parroco di lunga data Louis R. Gigante – fratello del noto gangster Vincent “the Chin” Gigante – che ha fondato la Simpson Street Development Association nel 1967; e suor Miriam Thomas. Thomas, una suora che arrivò a St. Athanasius nel 1962 come insegnante, e che si unì a Gigante per fondare la South East Bronx Community Organization (SEBCO) nel 1968. La SEBCO raccoglie fondi federali della Sezione 8 per convertire edifici abbandonati in alloggi a prezzi accessibili. Un altro gruppo di attivisti del quartiere, il Mid-Bronx Desperadoes, fu co-fondato dal prete di St. Athanasius William Smith nel 1974. Nel 1985, Thomas organizzò anche la prima parata di Halloween nel South Bronx, nel 1985

Un complesso di 105 unità abitative a prezzi accessibili che SEBCO costruì sull’ultimo lotto di terreno di proprietà della città nel South Bronx fu il Sister Thomas Apartments nel 2008. All’inaugurazione, la New York State Housing Finance Agency ha dichiarato che “Negli anni ’60 e ’70 la sezione di Hunts Point del South Bronx era un luogo desolato fiancheggiato dalle carcasse di edifici ancora fumanti dall’ultimo incendio…. L’unico rifugio era St. Athanasius e i suoi preti e suore, che divennero fari di speranza e leader del movimento per i diritti degli inquilini….”

Nonostante ciò, Suor Thomas e il mercato delle pulci che aveva a lungo organizzato furono espulsi dalla parrocchia senza tante cerimonie nel 2010, dividendo la comunità, poco dopo l’arrivo di un nuovo pastore. Molti parrocchiani hanno partecipato alle proteste contro la mossa, mentre altri hanno difeso il nuovo pastore.