ニューイングランド病院で15年間働いた後、1878年に33歳で同病院の看護学校に入学しました。 16ヵ月間のプログラムは非常に厳しく、1日16時間の労働を強いられました。 病棟での勤務や患者宅での個人的な仕事がないときは、1日中、授業や講義を受けなければならない。 当初42人いた学生のうち、コースを修了できる体力と意志を持っていたのは4人だけでした。

マホニーが30年のキャリアのほとんどを私設看護に捧げたのは、公的看護の現場では人種的な偏見がまだ残っていたからだ。

マホニーは30年のキャリアのほとんどを私立看護師として捧げた。 彼女のキャリアの最後には、ニューヨークの黒人孤児院の院長を務めた。

1896年、マホーニーは白人を中心とした「米国・カナダ看護協会（Nurses Associated Alumnae of the United States and Canada）」（後の「米国看護協会（American Nurses Association）」）に参加した。 しかし、黒人会員の受け入れが遅かったため、彼女は全米有色人種卒業看護師協会（NACGN）の設立に協力し、1909年の第1回大会で講演した。 その際、彼女は看護教育におけるアフリカ系アメリカ人の不平等さを訴え、ニューイングランド病院でのデモンストレーションを要請しました。 大会は彼女を全面的に支持し、彼女のチャプレンを選出し、終身会員権を与えました。 彼女は長年にわたり、マイノリティの看護師を組織に勧誘する活動を行いました。 彼女の努力により、アフリカ系アメリカ人の看護師の数は1910年から1930年にかけて倍増しました。