1994年、マックイーンはロンドンに戻り、セントラル・セント・マーチンズ・カレッジで修士号を取得した。 それが、彼をデザイナーへと導く転機となりました。 マックイーンは1996年から2001年までジバンシーでヘッドデザイナーとして働いた。 ジバンシーと別れた後は、自分のレーベルに専念した。

2001年に「グッチ」グループが、マックイーンの名を冠したブランド「アレキサンダー・マックイーン」の51％の株式を取得し、新たなパートナーとなりました。 その後、マックイーンはセカンドブランドとして「McQ」を、香水ブランドとして「My Queen」を立ち上げました。 また、プーマ、サムソナイト、シーバス・リーガルなど、さまざまなブランドやデザインとのコラボレーションを行いました。

1996年には最年少の英国ファッション・デザイナー・オブ・ザ・イヤーに選ばれ、1997年、2001年、2003年にもノミネートされました。

1996年には最年少の英国ファッション・デザイナー・オブ・ザ・イヤーに選ばれ、1997年、2001年、2003年にはアメリカファッションデザイナー協議会（CFDA）からノミネートされ、女王から大英帝国勲章コマンダーを授与されました。 1990年代半ばから2000年代にかけて、彼のキャリアは成功を収めました。