Islamabad tornou-se oficialmente a capital do Paquistão a 14 de Agosto de 1967, exactamente 20 anos após a independência do país. A primeira capital do Paquistão foi a cidade costeira de Karachi em Sindh, que foi seleccionada por Muhammad Ali Jinnah. Karachi foi e continua a ser a maior cidade e capital económica do Paquistão. Permaneceu a sede do governo até 1959, quando o presidente militar, Ayub Khan, decidiu construir uma nova capital, Islamabad no norte do Paquistão, perto do quartel-general geral das Forças Armadas Paquistanesas que se encontra em Rawalpindi. Durante este processo, Rawalpindi foi a capital provisória. O nome de Islamabad foi influenciado pelo nome Mughal da cidade portuária de Bengali em Chittagong que era Islamabad.

Em 1962, Dhaka tornou-se a capital legislativa do país devido à elevada população do Paquistão Oriental.

As razões para a relocalização da capital de Karachi são que ela reflectiria a diversidade do povo paquistanês, seria separada da actividade empresarial e comercial de Karachi, e também seria facilmente acessível a partir de todas as partes do país. A mudança para Islamabad só foi concluída no final dos anos 60 e durante alguns anos vários ministérios do governo estiveram sediados na vizinha Rawalpindi.