Franciscus Xaverius werd op 7 april 1506 geboren als Francisco de Jasso y Xaverius uit een adellijke familie van Baskische afkomst. Tijdens zijn studie in Parijs (1525-1536) raakte hij betrokken bij de kleine enthousiaste groep die door Ignatius van Loyola werd georganiseerd in de Sociëteit van Jezus. Hij en Ignatius werden in 1537 in Venetië tot priester gewijd. Het jaar daarop ging Franciscus naar Rome, waar hij de oprichting van de Sociëteit van Jezus hielp voorbereiden.
Terwijl hij in Rome was, bood Xaverius zich aan als vrijwilliger voor een vacature in een Portugese delegatie naar Oost-Azië. Hij verbleef van 1542 tot 1549 in India, Ceylon, Malakka en Oost-Indonesië. In 1549 werd Japan het missiegebied van Xaverius. Daar ontdekte hij dat hij zijn missioneringsmethoden moest veranderen. Omdat hij niet langer geconfronteerd werd met wat hij beschouwde als “barbaarse” mensen, traceerde hij de oorsprong van de Japanse cultuur naar China, dat gesloten was voor buitenlanders. In een fantastisch avontuur probeerde Xavier zichzelf dit intrigerende rijk binnen te smokkelen. Voor de Chinese kust stierf hij, met het beloofde land in zicht, op 19 maart 1552.
Xavier was een wegbereider die missionaire methoden improviseerde in de veranderende contexten van zijn leven. In Goa, het Portugese bolwerk en hoofdstad van het Oosten, bestreed hij de schandalige vulgariteit van het koloniale christendom. In een tweede fase, toen hij werkte onder vissers van lagere kaste die het doopsel aanvaardden om te ontsnappen aan de onderdrukking door de moslims, bedacht hij christelijk onderwijs voor analfabeten, waarbij hij zich concentreerde op kinderen die hun ouders de boodschap van het Evangelie bijbrachten, bij voorkeur in gezang. Hij doopte hele dorpen “tot zijn handen het begaven” en liet een samenvatting van het geloof en een door de overheid beschermde catechist achter wanneer hij besloot naar verder gelegen streken te trekken. Tijdens zijn apostolaat in Zuidoost-Azië bleven zijn zendingsmethoden in grote lijnen dezelfde.
Na zijn avontuurlijke reis naar Japan bevond Xaverius zich echter in een nieuwe situatie. Hij raakte verwikkeld in dialogen met bekwame en zelfbewuste partners en besefte dat een andere aanpak geboden was. Hij liet deze taak over aan zijn opvolgers, die voor het einde van de 16e eeuw bijna 1 procent van de totale bevolking doopten en de “christelijke eeuw in Japan” inluidden. Xavier ging verder met een poging om China te bezoeken, dat de belangrijkste culturele invloed had op Oost-Azië. Zijn missiereis eindigde in een onvervulde droom.
Met de wijsheid van achteraf, hebben velen de oppervlakkigheid van zijn methodes bekritiseerd. Belangrijker is echter dat vele volgende generaties zijn visie van amplius (“verder”) hebben opgevangen. Xavier’s inzet voor een snelle verspreiding van het Evangelie heeft velen ertoe gebracht hem een “Paulus in moderne stijl” te noemen, die van de Sociëteit van Jezus een missieorde maakte. In 1622 werd hij heilig verklaard, en paus Pius XI verklaarde hem (samen met de heilige Thérèse van Lisieux) tot patroonheilige van alle missies.