Hamertenen en klauwtenen hebben meerdere oorzaken. Een hamerteen is meestal het gevolg van het dragen van slecht passende schoenen die de teen in een gebogen stand dwingen, zoals schoenen met hoge hakken of schoenen die te kort of te smal zijn voor de voet. Als de tenen lange tijd gebogen blijven, kunnen de spieren in de tenen verkorten, waardoor de vervorming van de hamerteen ontstaat. Dit komt vaak voor in combinatie met knobbels of andere voetproblemen (een knobbel kan bijvoorbeeld de grote teen naar binnen doen draaien en de andere tenen naar binnen duwen).
De teenspieren werken paarsgewijs; als de spieren die in de ene richting trekken veel zwakker zijn dan de spieren die in de andere richting trekken, kan het onevenwicht de teen doen buigen. Als de kromming aanhoudt en de pezen en ligamenten zich aanspannen (wat gebeurt als ze niet worden gestrekt), kan de kromming permanent worden. Vooral slecht passende schoenen kunnen de tenen uit balans brengen.
Teenmisvormingen kunnen ook worden veroorzaakt door spier-, zenuw- of gewrichtsschade, als gevolg van aandoeningen zoals artrose, reumatoïde artritis, beroerte, de ziekte van Charcot-Marie-Tooth, het complexe regionale pijnsyndroom of diabetes. Een hamerteen kan ook voorkomen bij ataxie van Friedreich (GAA trinucleotide repeat).
