Islamabad werd officieel de hoofdstad van Pakistan op 14 augustus 1967, precies 20 jaar na de onafhankelijkheid van het land. De eerste hoofdstad van Pakistan was de kuststad Karachi in Sindh, die was uitgekozen door Muhammad Ali Jinnah. Karachi was en is nog steeds de grootste stad en de economische hoofdstad van Pakistan. Het bleef de regeringszetel tot 1959, toen de militaire president Ayub Khan besloot een nieuwe hoofdstad te bouwen, Islamabad in het noorden van Pakistan, in de buurt van het algemene hoofdkwartier van de Pakistaanse strijdkrachten dat zich in Rawalpindi bevindt. Tijdens dit proces was Rawalpindi de voorlopige hoofdstad. De naam Islamabad werd beïnvloed door de Mughal-naam van de Bengaalse havenstad Chittagong, die Islamabad was.

In 1962 werd Dhaka de wetgevende hoofdstad van het land vanwege het grote aantal inwoners van Oost-Pakistan.

De redenen om de hoofdstad te verplaatsen van Karachi zijn dat het de diversiteit van het Pakistaanse volk zou weerspiegelen, dat het gescheiden zou zijn van de zakelijke en commerciële activiteiten van Karachi, en ook dat het gemakkelijk bereikbaar zou zijn vanuit alle delen van het land. De verhuizing naar Islamabad werd pas aan het eind van de jaren zestig voltooid en gedurende enkele jaren waren verschillende ministeries in het nabijgelegen Rawalpindi gevestigd.