Geboren als dochter van William O’Neale, de eigenaar van een pension in Washington, en zijn vrouw Rhoda, waren de jonge Margaret en haar vijf broers en zusters zeer bekend in politiek Washington. Vooraanstaande congresleden en senatoren logeerden in het O’Neale etablissement (later het Franklin House genoemd), en Margaret werd vooral populair vanwege haar knappe uiterlijk en haar persoonlijkheid. Ze ging naar een van de beste scholen van de stad en kreeg les in piano en dansen. Toen ze een tiener werd, begonnen jonge en oude mannen zich op haar te storten. Nadat ze met een van hen had geprobeerd weg te lopen, bracht haar bezorgde vader haar naar een kostschool in New York City onder het waakzame oog van DeWitt Clinton. Na een wervelende verkering trouwde ze op 18 juli 1816 met de marinepostbode John B. Timberlake. Ze kreeg drie kinderen van hem, maar zijn onvermogen om financieel te overleven in de winkel die hij in Washington had opgezet, dwong hem terug te keren naar zee. Zij bleef thuis met de kinderen en hielp haar familie in het pension en de bijbehorende taveerne.
Ergens in deze periode begonnen geruchten de ronde te doen dat zij al lang een losbandige vrouw was en dit feit demonstreerde door een ongeoorloofde relatie met een kostganger, ene John Henry Eaton, senator uit Tennessee en goede vriend van Andrew Jackson. Toen Timberlake zelfmoord pleegde en zij en Eaton kort daarna trouwden, werd dit huwelijk beschouwd als meer dan voldoende bewijs van haar schaamteloze immoraliteit.
Eaton was al lang bevriend met Jackson als politiek adviseur en vriend, dus toen Old Hickory president werd, benoemde hij Eaton tot zijn minister van oorlog. De society in Washington en de kabinetsvrouwen waren woedend dat iemand met de reputatie van Peggy Eaton zo’n belangrijke positie bekleedde. Zij weigerden met haar om te gaan en baseerden hun standpunt op de plicht van de vrouw om de maatschappij te beschermen tegen immoraliteit. De Eatons en Jackson voerden een twee jaar durende strijd om deze afwijzing te boven te komen, en het sociale geschil ontwikkelde zich al snel tot een politieke oorlog. In 1831 dwong Jackson zijn hele kabinet om ontslag te nemen, en er ontstond een onherroepelijke breuk tussen hem en zijn vice-president, John C. Calhoun.
Hij slaagde er niet in om Eaton terug te krijgen in de Senaat, maar Jackson benoemde hem tot gouverneur van het Florida Territory (1834-36) en maakte hem later minister van de Verenigde Staten in Spanje (1836-40). Margaret Eaton werd op beide plaatsen sociaal geaccepteerd en toen het echtpaar in 1840 terugkeerde naar Washington, kreeg zij een even vriendelijk onthaal. John Eaton vestigde een succesvolle advocatenpraktijk in de hoofdstad en overleed in 1856.
De weduwe, die de vier kinderen van haar overleden dochter en schoonzoon opvoedde, trouwde onverwacht op 7 juni 1859 met Antonio Buchignani. Hoewel zij negenenvijftig jaar oud was en hij begin twintig, leidden zij een ogenschijnlijk gelukkig leven tot de herfst van 1866, toen Buchignani met het geld van zijn vrouw en haar kleindochter (zijn stiefkind) naar Italië vluchtte. Hij maakte echter de fout om in 1868 naar de Verenigde Staten terug te keren, waarop zijn vrouw hem liet arresteren. Hij ontliep zijn borgtocht en liet haar berooid achter. Zij scheidde van hem en bracht de laatste jaren van haar leven door in Washington, D.C., waar zij in 1879 overleed.