Archbisschop John Murphy Farley gaf in 1907 opdracht tot de bouw van de parochie en kocht het hele stadsblok voor 58.000 dollar. De hoeksteen werd op 31 mei 1908 gelegd door kardinaal Logue, aartsbisschop van Armagh, die op bezoek was ter gelegenheid van het honderdjarig bestaan van het aartsbisdom New York. Het gebouw werd plechtig ingewijd op 21 februari 1909. Terence James Cooke (de latere aartsbisschop van New York) diende er als kapelaan in de jaren 1950.
De parochie heeft lange tijd een prominente rol gespeeld in de dienstverlening aan de lage-inkomens buurt, in samenwerking met de St. Anthony of Padua. Vermeldenswaard zijn lange tijd pastoor Louis R. Gigante – broer van de beruchte gangster Vincent “the Chin” Gigante – die de Simpson Street Development Association oprichtte in 1967; en Zuster Miriam Thomas. Thomas, een non die in 1962 naar St. Athanasius kwam als lerares, en die samen met Gigante in 1968 de South East Bronx Community Organization (SEBCO) oprichtte. SEBCO verzamelt federale Sectie 8 fondsen om verlaten gebouwen om te bouwen tot betaalbare woningen. Een andere buurtactivistengroep, de Mid-Bronx Desperadoes, werd in 1974 mede opgericht door St. Athanasius priester William Smith. In 1985 organiseerde Thomas zelfs de eerste South Bronx Halloween parade
In 2008 bouwde SEBCO op het laatste stuk grond in stadsbezit in de South Bronx de Sister Thomas Apartments, een project met 105 woningen en betaalbare huisvesting. Bij de inwijding verklaarde de New York State Housing Finance Agency: “In de jaren ’60 en ’70 was het Hunts Point-deel van de South Bronx een desolate plek, omzoomd door de karkassen van gebouwen die nog smeulden van de laatste brand…. Het enige toevluchtsoord was St. Athanasius en zijn priesters en nonnen, die bakens van hoop werden en leiders in de huurdersrechtenbeweging….”
Niettemin werden Zuster Thomas en de vlooienmarkt die ze lange tijd organiseerde in 2010 onaangekondigd uit de parochie gezet, waardoor de gemeenschap verdeeld raakte, kort na de komst van een nieuwe pastoor. Veel parochianen namen deel aan protesten tegen de verhuizing, terwijl anderen de nieuwe pastoor verdedigden.