1798 Kerk en andere gebouwen werden voltooid van adobe met lemen en tule daken.

1803 Hoeksteen gelegd voor een grotere kerk, nodig vanwege de aardbevingsschade aan de eerste kerk en omdat er zoveel indianen naar de missie kwamen.

1808 Pater Felipe del Arroyo de la Cuesta breidde de kerkplannen uit met drie zijbeuken.

1812 23 juni, inwijding van de nieuwe kerk. Verschillende aardbevingen hadden pater Arroyo ervan overtuigd de bogen tussen de zijbeuken te laten opvullen, waardoor een kerk met één gangpad ontstond.

1814 Stad begon te groeien rond de missie. Voor de missie werd een plein aangelegd en aan de overkant werden adobe barakken voor soldaten gebouwd.

1835 Missie werd geseculariseerd; landerijen werden door de regering in beslag genomen; priesters bleven er diensten verrichten.

1859 55 hectare land en resterende gebouwen werden teruggegeven aan de katholieke kerk.

1867 Vader Rubio begint aan een periode van uitgebreide modernisering: torenspits toegevoegd, binnenmuren en vloer bedekt met hout.

Na 1906 Hoewel gebouwd pal op de San Andreas-breuklijn, ondervond de Missie relatief weinig schade van de aardbeving van 1906, misschien omdat de binnenbogen waren opgevuld. De gebouwen werden later versterkt met staal en beton.

1949-1950 De gepleisterde toren werd verwijderd en de klokken werden weer op een dwarsbalk geplaatst. Ook het interieur werd teruggebracht in de staat van 1820.

1976 Renovaties omvatten het openen van de bogen in de zijbeuken; de klokkenmuur werd toegevoegd; keukengedeelte gerestaureerd; museum met artefacten uit het verleden van de Missie.

Meer te weten komen over de missie, kijk op hun website oldmissionsjb.org/history en missionscalifornia.com/mission-facts/san-juan-bautista