Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time Of Flight (MALDI-TOF) massaspectrometrie (MS) is een veelgebruikte methode voor kwaliteitscontrole (QC) van oligonucleotiden. MALDI-TOF-instrumentatie is geschikt voor gebruik in high-throughput industriële QC-instellingen en kan moleculen in het groottebereik van oligonucleotiden oplossen. Hoewel klein in vergelijking met nucleïnezuren uit biologische bronnen, zijn synthetische oligonucleotiden niettemin relatief grote moleculen, variërend in grootte van ongeveer 6000 dalton voor een 20-mer tot 30.000 dalton voor een 100-mer. MALDI-TOF is nuttig voor verbindingen tot ~ 15.000 dalton, of ongeveer een 50mer oligonucleotide. Monsters boven 15.000 dalton niet ioniseren en vliegen effectief en, bovendien, buiten het optimale resolutiebereik van deze instrumenten. Elektrospray-ionisatie-tijd-van-vlucht (ESI-TOF) MS kan langere oligonucleotiden, tot 80 nt, oplossen. In de onderliggende MALDI-technologie wordt het oligonucleotide-testmonster gemengd met een drager of matrix (picolinezuur) en op een rooster gedeponeerd. Het MALDI-TOF-instrument gebruikt laserlichtpulsen om de oligo/matrix te verdampen in een proces dat desorptie wordt genoemd. Tijdens dit proces worden sommige moleculen geïoniseerd door protonering. De laserpuls kan het molecuul ook fragmenteren in een verscheidenheid van geladen en neutrale deeltjes (wat kan leiden tot ongewenste banden of artefacten in het resulterende spectrum). Bij time of flight (TOF) massaspectrometrie worden geïoniseerde oligomoleculen door een elektrostatisch veld in de massa-analysator versneld tot een gemeenschappelijke kinetische energie. Met dezelfde kinetische energie reizen lichtere ionen sneller en zwaardere ionen langzamer. De geïoniseerde deeltjes komen aan het ene uiteinde van de TOF-buis binnen, en het aantal ionen dat aan het andere uiteinde een detector bereikt, wordt tijdsafhankelijk geregistreerd. De lichtste ionen bereiken de detector het eerst en de zwaarste het laatst. Het volledige massaspectrum wordt in een fractie van een seconde opgenomen als ion flux versus tijd. IDT is pionier op het gebied van MS-analyse van oligonucleotiden en heeft in de loop der jaren MALDI-TOF MS-sporen geleverd als routinematige QC voor alle standaardprobes en -primers, alsmede voor complexere gemodificeerde en met HPLC en PAGE gezuiverde oligos. Terwijl veel andere leveranciers van oligonucleotiden nu pas beginnen met het leveren van MALDI-TOF MS voor hun producten, is IDT voor onze MS-analyses overgestapt op het gebruik van elektrospray-ionisatie (ESI) instrumenten. Zoals hierboven vermeld, behoudt de ESI-technologie de massanauwkeurigheid, resolutie en gevoeligheid over een breder nucleotide-omvangbereik (Hail ME, Elliott B et al). De omschakeling van MALDI naar ESI stelt IDT in staat klanten een grotere massanauwkeurigheid te bieden voor elke oligo die we tot 200 basen synthetiseren. Referentie: Hail ME, Elliott B, and Anderson A. (2004) High-throughput analyse van oligonucleotiden met behulp van geautomatiseerde electrospray ionisatie massaspectrometrie. Am Biotech Lab, 22: 12-14.