Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time Of Flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) é um método comum utilizado para o controlo de qualidade (QC) dos oligonucleótidos. A instrumentação MALDI-TOF é adequada para utilização em cenários industriais de CQ de alto rendimento e pode resolver moléculas na gama de tamanhos de oligonucleótidos. Embora pequenos em comparação com os ácidos nucleicos de fontes biológicas, os oligonucleótidos sintéticos são no entanto moléculas relativamente grandes, variando em tamanho de cerca de 6000 daltons por 20 a 30.000 daltons por 100. O MALDI-TOF é útil para compostos até ~15.000 daltons, ou cerca de 50mer de oligonucleótido. As amostras acima de 15.000 daltons não ionizam e voam eficazmente e, adicionalmente, estão fora da gama de resolução óptima destes instrumentos. Electrospray Ionization-Time of Flight (ESI-TOF) MS pode resolver oligonucleótidos mais longos, até 80 nt. Na tecnologia MALDI subjacente, a amostra de teste de oligonucleótido é misturada com um transportador ou matriz (ácido picolínico) e é depositada numa grelha. O instrumento MALDI-TOF utiliza impulsos de luz laser para vaporizar o oligo/matrix num processo conhecido como dessorção. Durante este processo, algumas moléculas tornam-se ionizadas através da protonação. O pulso laser pode também fragmentar a molécula numa variedade de partículas carregadas e neutras (que podem levar a bandas ou artefactos espúrios no espectro resultante). Em tempo de voo (TOF) espectrometria de massa, as moléculas de oligo ionizadas são aceleradas por um campo electrostático no analisador de massa para uma energia cinética comum. Com a mesma energia cinética, os iões mais leves viajam mais rapidamente e os iões mais pesados viajam mais lentamente. As partículas ionizadas entram numa extremidade do tubo TOF, e o número de iões que chegam a um detector na outra extremidade é registado de uma forma dependente do tempo. Os iões mais leves atingem primeiro o detector e os mais pesados chegam por último. Todo o espectro de massa é registado numa fracção de segundo como fluxo de iões versus tempo. A IDT foi pioneira na utilização da análise de EM de oligonucleótidos, e ao longo dos anos tem fornecido traços de EM MALDI-TOF como CQ de rotina em todas as sondas e primários padrão, bem como para oligonucleótidos modificados e purificados por HPLC e PAGE mais complexos. Enquanto muitos outros fornecedores de oligonucleótidos estão agora a começar a fornecer MALDI-TOF MS para os seus produtos, a IDT mudou as nossas análises de EM para a utilização de instrumentos de ionização por Electrospray (ESI). Como já foi referido, a tecnologia ESI mantém a precisão, a resolução e a sensibilidade da massa numa gama mais vasta de nucleótidos (Hail ME, Elliott B et al). A conversão de MALDI para ESI permite à IDT fornecer aos clientes uma maior precisão de massa para qualquer oligo que sintetizamos até 200 bases. Referência: Hail ME, Elliott B, e Anderson A. (2004) Análise de alto rendimento de oligonucleótidos utilizando espectrometria de massa de ionização por electrospray automatizado. Am Biotech Lab, 22: 12-14.