1798 Igreja e outros edifícios foram completados de barro com lama e telhados de tule.

1803 Pedra de cantaria colocada para uma igreja maior, necessária tanto por causa dos danos causados pelo terramoto na primeira igreja como porque tantos nativos americanos vieram à missão.

1808 O Padre Felipe del Arroyo de la Cuesta ampliou os planos da igreja para incluir três corredores.

1812 23 de Junho, dedicação de nova igreja. Vários terramotos tinham convencido o Padre Arroyo a ter os arcos que separavam os corredores preenchidos, fazendo uma igreja de um só corredor.

1814 A cidade começou a crescer em torno da missão. Uma praça foi colocada em frente da missão e quartéis de barro para soldados construídos em toda a praça.

1835 Missão secularizada; terras tomadas pelo governo; os padres continuaram a realizar serviços lá.

1859 55 acres de terra e edifícios restantes devolvidos à Igreja Católica.

1867 O Padre Rubio inicia um período de modernização extensiva: campanário acrescentado, paredes interiores, e chão coberto de madeira.

Pós 1906 Embora construído mesmo na linha de falha de San Andreas, a Missão sofreu relativamente poucos danos com o terramoto de 1906, talvez porque os arcos interiores tinham sido preenchidos. Os edifícios foram subsequentemente reforçados com aço e betão.

1949-1950 A torre de estuque foi removida e os sinos foram recolocados numa travessa. O interior foi também restaurado ao seu estado de 1820.

1976 As renovações incluíram a abertura dos arcos para os corredores laterais; a parede do sino foi acrescentada; a área da cozinha foi restaurada; museu com artefactos do passado da Missão.

Saiba mais sobre a missão, consulte o seu website oldmissionsjb.org/history e missionscalifornia.com/mission-facts/san-juan-bautista