En 1994, McQueen regresó a Londres y obtuvo un máster en el Central Saint Martins College. Fue el punto de inflexión que le llevó a ser diseñador. McQueen trabajó en Givenchy como diseñador jefe desde 1996 hasta 2001. Tras separarse de Givenchy, se centró en su propia marca. Entonces, en 2001, debutó con la colección The Dance of the Twisted Bull en París, que provocó algunos escándalos.

En 2001 el grupo «Gucci» se hizo con el 51% de las acciones de la marca Alexander McQueen, que llevaba el nombre de McQueen, y se convirtió en su nuevo socio. Con el paso del tiempo, McQueen lanzó «McQ» como segunda marca, y «My Queen» como marca de perfume. McQueen también realizó varias colaboraciones de marca y diseño con Puma, Samsonite y Chivas Regal. A finales de 2006, la marca Alexander McQueen ha entrado en 25 ciudades, como Londres, París, Nueva York, Boston, Milán, Moscú, Tokio y Seúl.

En 1996, fue nominado como el diseñador de moda británico más joven del año, y de nuevo en 1997, 2001 y 2003. Además, en 2003 fue nombrado por el Consejo de Diseñadores de Moda de América (CFDA) y recibió el título de Comandante de la Orden del Imperio Británico de manos de la Reina. Desde mediados de la década de 1990 hasta la década de 2000, tuvo éxito en su carrera.