Las cejas, la franja de pelos gruesos y delicados que sigue la cresta de la ceja por encima del ojo, son una diferencia absoluta entre los humanos y los primates no humanos. Sencillamente, los humanos tienen poca cobertura de vello facial, lo que hace que la franja de pelo en la cresta de la ceja sea notable, sobre todo porque existe en todos los sexos. Otros monos tienen una mayor musculatura alrededor de la región de la ceja, lo que indica un mayor control de la ceja respecto a otros mamíferos, y algunos (especialmente algunas especies de guenones) tienen una coloración diferente en el pelo de la ceja, lo que puede imitar funcionalmente las cejas humanas (Emery 2000). Los primates parecen haber desarrollado cejas fuertes y musculatura, pero el desarrollo humano aisló las cejas propiamente dichas, perdiendo la mayor parte del resto del vello facial. Parece ser que se desconoce cuándo se desarrollaron las cejas propiamente dichas.
La explicación más común, que data del médico griego Herófilo, es que las cejas impiden que el sudor y los residuos entren en el ojo, algo que es necesario en los seres humanos al no haber otro pelo que cubra la cara, ni una ceja que sobresalga adecuadamente. Sin embargo, otras explicaciones son multitud. Otra explicación común para la singularidad humana de las cejas es la de comunicar emociones. Desmond Morris, entre otros muchos (incluyendo a Charles Darwin) postula que las cejas evolucionaron para transmitir una amplia gama de emociones, desde la sorpresa hasta la tristeza (Morris 2008). La cara, en particular la mirada a los ojos de otra persona, es un rasgo emocional especialmente destacado en los humanos, y las cejas ofrecen una forma de comunicar estados emocionales complejos, junto con otros rasgos. Se ha observado que otros animales, incluyendo casos bien documentados de monos del viejo y del nuevo mundo y otros mamíferos, manipulan sus cejas como parte de sus manifestaciones comunicativas (Andrews 1964), incluyendo el levantamiento de cejas como amenaza y el descenso de cejas como saludo. La ceja humana, con su pelo contrastado, acentúa el movimiento de la ceja, haciendo que el movimiento sea más destacado (tal sería también el caso de la ceja naranja de los guenones). Las cejas también llaman la atención sobre el ojo, un expresador clave de la emoción y la comunicación, y pueden ayudar a seguir la mirada (Emery 2000).
También se ha planteado la hipótesis de que las cejas son clave para el reconocimiento facial. Se observa un descenso significativo en el reconocimiento facial cuando se eliminan las cejas . Este efecto fue más fuerte que cuando se eliminan los ojos de la imagen, y las cejas permanecen intactas. Como los humanos han tenido que lidiar con grupos sociales progresivamente más grandes, cualquier pista para identificar a los individuos es útil, y las cejas parecen ser particularmente salientes.
En general, parece que las cejas son exclusivamente humanas, lo que tiene mucho que ver con la falta de pelo en general de los humanos y quizás una extensión de la fuerte musculatura de las cejas de otros primates. En los humanos, cumplen una serie de funciones, que van desde lo físicamente práctico (bloquear el sudor) hasta lo social (reconocimiento, expresión emocional).