Litografía de un disturbio anticatólico en Filadelfia en 1844.
Biblioteca del Congreso, Washington, D.C.
A pesar de estos problemas, el catolicismo estadounidense perduró. Sus filas aumentaron considerablemente gracias a la inmigración, y atrajo a un gran número de conversos -hasta 700.000 durante el siglo XIX, según algunas estimaciones-, incluida la primera santa nacida en Estados Unidos, Elizabeth Ann Seton. La Iglesia creó un amplio sistema educativo que abarcaba desde las escuelas primarias y secundarias parroquiales hasta los colegios y universidades. Las escuelas primarias parroquiales recibieron un mayor impulso en 1884, cuando el Tercer Concilio Plenario de Baltimore decretó que cada parroquia debía tener una escuela. A través de estas instituciones, los líderes católicos permitieron a sus feligreses combinar la lealtad religiosa a Roma y la lealtad civil a los Estados Unidos.
Irónicamente, uno de los acontecimientos más divisivos de la historia americana, la Guerra Civil, contribuyó a la creciente aceptación del catolicismo romano en los Estados Unidos. La cuestión de la esclavitud, una de las principales causas de la guerra, no era especialmente problemática para la Iglesia. Muchos católicos poseían esclavos, y la enseñanza moral católica aceptaba la existencia de la esclavitud como consecuencia del pecado de Adán. Los trabajadores católicos se opusieron a la emancipación, temiendo un aumento de la competencia por los puestos de trabajo. Aunque la iglesia católica no estaba alquilada por la cuestión como muchas iglesias protestantes, sí enseñaba que los esclavos debían ser tratados con humanidad, y muchos católicos del norte llegaron a oponerse a la institución. Cuando estalló la guerra, los católicos de ambos bandos se unieron con entusiasmo a la lucha. Los obispos de Nueva York y Charleston fueron enviados en misiones diplomáticas, y los sacerdotes católicos sirvieron como capellanes en los ejércitos de la Unión y de la Confederación. Su apoyo a la causa del Norte o del Sur hizo que los católicos fueran más visibles y les proporcionó una mayor aceptación después de la guerra.
En la segunda mitad del siglo XIX, la Iglesia católica de Estados Unidos trató de poner fin a sus divisiones internas y responder a los desafíos del mundo en general. El Segundo Concilio Plenario, celebrado en Baltimore en 1866, abordó cuestiones de disciplina y organización, destacó la importancia de las doctrinas de la fe y condenó creencias como el unitarismo y el trascendentalismo. En 1869-70, los obispos estadounidenses participaron en el Vaticano I, donde estuvieron entre la minoría que se opuso a la declaración de infalibilidad papal. Más cerca de casa, la iglesia tomó medidas para evangelizar a los esclavos liberados, aunque no les ofreció ninguna ayuda material. Lo que más preocupaba a la Iglesia era la continua inmigración de católicos y las crecientes tensiones entre las comunidades de inmigrantes, especialmente alemanes e irlandeses. El arzobispo John Ireland agravó el problema al alabar la educación pública y apoyar el inglés como única lengua de enseñanza en todas las escuelas. Estas tensiones contribuyeron a la controversia sobre el «americanismo», en la que se acusaba a los católicos estadounidenses de innovar en la doctrina y la práctica y de diluir las enseñanzas de la Iglesia para ganar conversos. A pesar de estas adversidades, la Iglesia siguió prosperando.
Durante el siglo XX, los católicos de Estados Unidos lucharon por encontrar una identidad y un lugar en la sociedad estadounidense. A principios de siglo se enfrentaron a la continua hostilidad de los protestantes. Una ley aprobada en 1924 que limitaba la inmigración procedente de los países católicos de Europa tenía sus raíces en los prejuicios religiosos. En 1928, los prejuicios anticatólicos contribuyeron al fracaso de la campaña presidencial del demócrata Alfred E. Smith, gobernador de Nueva York y primer candidato presidencial católico. Mientras tanto, la Iglesia en Estados Unidos remodeló sus instituciones para ampliar su perspectiva y acercarse a la corriente principal estadounidense. Durante la Primera Guerra Mundial se creó el Consejo Nacional Católico de Guerra para demostrar el apoyo católico al esfuerzo bélico estadounidense, y después de la guerra promovió la causa de la justicia social. Durante la Gran Depresión y después, los esfuerzos de los activistas políticos católicos y de los reformistas como Dorothy Day recibieron atención nacional.
El renacimiento del tomismo, la filosofía de Santo Tomás de Aquino, también fue importante. El renacimiento, también conocido como neoescolástica, comenzó en la década de 1850, y para el reinado del Papa León XIII (reinó entre 1878 y 1903) contribuyó a un florecimiento de la teología católica y los estudios bíblicos. El tomismo llegó a enseñarse en todas las escuelas católicas y, en la década de 1920, reforzó la identidad intelectual de los católicos estadounidenses educados.
Al igual que en la Primera Guerra Mundial, el patriotismo mostrado por los católicos estadounidenses durante la Segunda Guerra Mundial ayudó a disminuir los prejuicios anticatólicos. En 1960, un católico romano, John F. Kennedy, fue elegido presidente, un cargo que antes se consideraba inalcanzable para los católicos. Un número cada vez mayor de católicos ocupó cargos políticos a nivel local y nacional, aunque persistieron las tensiones en torno a las cuestiones Iglesia-Estado, especialmente en lo que respecta al aborto y las ayudas a las escuelas católicas. La mayor prosperidad y los cambios demográficos, como el crecimiento de los suburbios, aumentaron el contacto entre católicos y no católicos, y el movimiento ecuménico mejoró las relaciones entre las confesiones. A principios del siglo XXI, los católicos representaban el 22% de la población estadounidense. Con 200 diócesis, la jerarquía estadounidense es la tercera más grande del mundo.
La Iglesia en Estados Unidos, como en el resto del mundo, soportó un periodo de gran agitación tras el Vaticano II (1962-65), uno de los concilios más importantes de la historia de la Iglesia. El Vaticano II actualizó gran parte de la práctica católica (parafraseando al Papa Juan XXIII), revisó la liturgia, modificó las relaciones entre el clero y los laicos y permitió la misa en lengua vernácula. También fomentó el diálogo entre las confesiones y una relación más colegiada entre los obispos. Estos cambios, que afectaron profundamente a la vida de todos los miembros de la Iglesia, fueron bien acogidos por muchos, aunque inspiraron la salida de una minoría. Un número más considerable de católicos abandonó la Iglesia en los años sesenta y setenta debido a lo que consideraban el fracaso de la Iglesia en el cumplimiento de la promesa del concilio. Muchos laicos católicos se sintieron especialmente alienados por la prohibición del control de la natalidad, una prohibición que posteriormente fue ampliamente ignorada. Además, el énfasis de la Iglesia en el celibato clerical llevó a muchos clérigos a renunciar a sus votos o a elegir otras vocaciones. Aunque los católicos estadounidenses de finales del siglo XX seguían siendo devotos de la Iglesia -el Papa Juan Pablo II seguía siendo una figura muy querida por la mayoría de los católicos-, muchos se encargaron de decidir qué restricciones seguirían.
A principios del siglo XXI, la Iglesia estadounidense se vio sacudida por las acusaciones de pederastia por parte de muchos clérigos. Un estudio encargado por el Consejo Nacional de Revisión de la Conferencia Episcopal de Estados Unidos demostró que alrededor del 4% de los sacerdotes estadounidenses (más de 4.000) habían cometido este tipo de delitos, en algunos casos de forma reiterada y durante varias décadas. Se autentificaron más de 10.000 casos de abusos sexuales, aunque los grupos de víctimas afirmaron que otros casos no se denunciaron porque las víctimas se avergonzaban de presentarse. También se puso de manifiesto que algunos obispos habían empeorado la situación protegiendo a los sacerdotes que habían abusado sexualmente de menores o trasladándolos a otros destinos pastorales. Ante la inmensidad del problema, la Iglesia, tras algunos pasos titubeantes, lo abordó públicamente y trabajó para evitar que los abusos se repitieran. En 2004, la iglesia católica mundial había pagado más de 1.000 millones de dólares (EE.UU.) en indemnizaciones por jurado, acuerdos y honorarios legales, lo que llevó a algunas diócesis a considerar la protección bajo la ley de bancarrota.
La iglesia en Estados Unidos se enfrentó a otros problemas a principios del siglo XXI, causados en parte por la diversidad de la iglesia estadounidense y su disposición a adoptar posturas no del todo acordes con las enunciadas en Roma. Los obispos estadounidenses trataron de reparar la dañada reputación de la iglesia tras el escándalo de la pederastia y de ampliar la autoridad moral de la iglesia reforzando la adhesión a las enseñanzas católicas tradicionales en una amplia gama de temas. Algunos obispos incluso sugirieron que se retuviera la Sagrada Comunión a los políticos y a sus partidarios que no aceptaran las enseñanzas de la Iglesia en cuestiones como el aborto, la eutanasia, el matrimonio entre personas del mismo sexo y la investigación con células madre. Los católicos más liberales criticaron esta medida por considerarla unilateral, y señalaron que no se sugerían sanciones para quienes rechazaran la oposición de la Iglesia a la pena de muerte. Muchos católicos también ignoraron las prohibiciones sobre el control de la natalidad y el aborto y exigieron un mayor papel para las mujeres en la iglesia.