El arzobispo John Murphy Farley encargó la construcción de la parroquia en 1907, comprando toda la manzana por 58.000 dólares. La primera piedra fue colocada el 31 de mayo de 1908 por el cardenal Logue, arzobispo de Armagh, que estaba de visita con motivo del centenario de la archidiócesis de Nueva York. El edificio fue dedicado solemnemente el 21 de febrero de 1909. Terence James Cooke (más tarde arzobispo de Nueva York) ejerció allí como coadjutor en la década de 1950.

La parroquia se ha destacado durante mucho tiempo por servir a su barrio de bajos ingresos, en colaboración con San Antonio de Padua. Destacan el párroco Louis R. Gigante -hermano del famoso gángster Vincent «el Barbilla» Gigante-, que fundó la Asociación de Desarrollo de Simpson Street en 1967; y la hermana Miriam Thomas. Thomas, una monja que llegó a St. Athanasius en 1962 como profesora, y que se unió a Gigante para fundar la Organización Comunitaria del Sureste del Bronx (SEBCO) en 1968. SEBCO recauda fondos federales de la Sección 8 para convertir edificios abandonados en viviendas asequibles. Otro grupo de activistas del barrio, los Mid-Bronx Desperadoes, fue cofundado por el sacerdote de San Atanasio William Smith en 1974 En 1985, Thomas incluso organizó el primer desfile de Halloween del sur del Bronx, en 1985

Una promoción de viviendas asequibles de 105 unidades que SEBCO construyó en la última parcela de terreno propiedad de la ciudad en el sur del Bronx fue los apartamentos Sister Thomas en 2008. En la inauguración, la Agencia de Financiación de la Vivienda del Estado de Nueva York declaró que «En los años 60 y 70, la sección de Hunts Point del sur del Bronx era un lugar desolado, bordeado por los cadáveres de los edificios que aún humeaban tras el último incendio….. El único refugio era San Atanasio y sus sacerdotes y monjas, que se convirtieron en faros de esperanza y líderes del movimiento por los derechos de los inquilinos….»

Sin embargo, la hermana Thomas y el mercadillo que organizó durante mucho tiempo fueron expulsados de la parroquia sin miramientos en 2010, dividiendo a la comunidad, poco después de la llegada de un nuevo párroco. Muchos feligreses participaron en protestas contra el traslado, mientras que otros defendieron al nuevo párroco.