1798 La iglesia y otros edificios fueron terminados de adobe con techos de barro y tule.
1803 Se coloca la primera piedra de una iglesia más grande, necesaria tanto por los daños causados por el terremoto en la primera iglesia como por la gran cantidad de nativos americanos que acudían a la misión.
1808 El padre Felipe del Arroyo de la Cuesta amplió los planos de la iglesia para incluir tres naves.
1812 23 de junio, dedicación de la nueva iglesia. Varios terremotos habían convencido al padre Arroyo para que se rellenaran los arcos que separaban las naves, haciendo una iglesia de una sola nave.
1814 El pueblo comenzó a crecer alrededor de la misión. Se construyó una plaza frente a la misión y barracas de adobe para los soldados al otro lado de la plaza.
1835 La misión se secularizó; las tierras fueron tomadas por el gobierno; los sacerdotes continuaron realizando servicios allí.
1859 55 acres de tierra y los edificios restantes fueron devueltos a la Iglesia Católica.
1867 El Padre Rubio comienza un periodo de amplia modernización: se añade el campanario, las paredes interiores y el suelo se cubren de madera.
Post 1906 Aunque se construyó justo en la línea de la falla de San Andrés, la Misión sufrió relativamente pocos daños por el terremoto de 1906, quizás porque los arcos interiores se habían rellenado. Los edificios fueron reforzados posteriormente con acero y hormigón.
1949-1950 Se eliminó la torre de estuco y se volvieron a colocar las campanas en un travesaño. También se restauró el interior a su estado de 1820.
1976 Las renovaciones incluyeron la apertura de los arcos en los pasillos laterales; se agregó la pared de la campana; se restauró el área de la cocina; museo con artefactos del pasado de la Misión.
Aprenda más sobre la misión, consulte su sitio web oldmissionsjb.org/history y missionscalifornia.com/mission-facts/san-juan-bautista