Islamabad se convirtió oficialmente en la capital de Pakistán el 14 de agosto de 1967, exactamente 20 años después de la independencia del país. La primera capital de Pakistán fue la ciudad costera de Karachi, en Sindh, elegida por Muhammad Ali Jinnah. Karachi fue y sigue siendo la mayor ciudad y capital económica de Pakistán. Siguió siendo la sede del gobierno hasta 1959, cuando el presidente militar, Ayub Khan, decidió construir una nueva capital, Islamabad, en el norte de Pakistán, cerca del cuartel general de las Fuerzas Armadas paquistaníes, que está en Rawalpindi. Durante este proceso, Rawalpindi fue la capital provisional. El nombre de Islamabad estaba influenciado por el nombre mogol de la ciudad portuaria bengalí de Chittagong, que era Islamabad.

En 1962, Dhaka pasó a ser la capital legislativa del país debido a la elevada población de Pakistán Oriental.

Las razones para trasladar la capital desde Karachi son que reflejaría la diversidad del pueblo pakistaní, estaría separada de la actividad empresarial y comercial de Karachi, y además sería fácilmente accesible desde todas las partes del país. El traslado a Islamabad no se completó hasta finales de la década de 1960 y durante algunos años varios ministerios del gobierno tuvieron su sede en la cercana Rawalpindi.