Hija de William O’Neale, propietario de una pensión en Washington, y de su esposa Rhoda, la joven Margaret y sus cinco hermanos eran muy conocidos en el Washington político. Los principales congresistas y senadores se alojaban en el establecimiento de O’Neale (que más tarde se llamó Franklin House), y Margaret se hizo especialmente popular por su buen aspecto y su personalidad. Asistió a una de las principales escuelas de la ciudad y recibió instrucción en piano y danza. Cuando llegó a la adolescencia, los hombres jóvenes y mayores empezaron a lanzarse a por ella. Después de que intentara fugarse con uno de ellos, su padre, preocupado, la internó en un colegio de Nueva York bajo la mirada de DeWitt Clinton. Después de un noviazgo relámpago, se casó con un sobrecargo de la marina llamado John B. Timberlake el 18 de julio de 1816. Tuvo tres hijos con él, pero su incapacidad para sobrevivir económicamente en la tienda que había establecido en Washington le obligó a volver al mar. Ella se quedó en casa con los niños, ayudando a su familia en la pensión y en la taberna asociada.
En algún momento de esta época empezaron a circular rumores de que era una mujer suelta desde hacía tiempo y que lo demostraba con una relación ilícita con un huésped, un tal John Henry Eaton, senador por Tennessee y amigo íntimo de Andrew Jackson. Cuando Timberlake se suicidó y ella y Eaton se casaron poco después, esta nupcialidad se consideró una prueba más que suficiente de su desvergonzada inmoralidad.
Eaton llevaba mucho tiempo cerca de Jackson como asesor político y amigo, así que, cuando Old Hickory llegó a la presidencia, nombró a Eaton su secretario de guerra. La sociedad de Washington y las esposas del gabinete se indignaron porque alguien con la reputación de Peggy Eaton ocupara un puesto tan importante. Se negaron a relacionarse con ella, basando su postura en el deber de la mujer de proteger a la sociedad de la inmoralidad. Los Eaton y Jackson libraron una batalla de dos años para superar este desaire, y la disputa social se convirtió rápidamente en una guerra política. En 1831 Jackson obligó a todo su gabinete a dimitir, y se produjo una ruptura irrevocable entre él y su vicepresidente, John C. Calhoun.
Al fracasar en su intento de devolver a Eaton al Senado, Jackson le nombró gobernador del Territorio de Florida (1834-36) y más tarde le hizo ministro de Estados Unidos en España (1836-40). Margaret Eaton fue socialmente aceptada en ambos lugares y cuando la pareja regresó a Washington en 1840, recibió una acogida igualmente amistosa. John Eaton estableció un exitoso bufete de abogados en la capital del país y murió en 1856.
La viuda, que criaba a los cuatro hijos de su hija y su yerno fallecidos, se casó inesperadamente con Antonio Buchignani el 7 de junio de 1859. Aunque ella tenía cincuenta y nueve años y él apenas veinte, vivieron una vida aparentemente feliz hasta el otoño de 1866, cuando Buchignani huyó a Italia con el dinero de su esposa y su nieta (su hijastra). Sin embargo, cometió el error de volver a Estados Unidos en 1868, y la esposa despechada lo hizo arrestar. Él se saltó la fianza, dejándola en la indigencia. Se divorció de él y pasó los últimos años de su vida viviendo una existencia difícil en Washington, D.C., donde murió en 1879.