En 1775, el padre Junípero Serra convenció al capitán español Rivera de que era necesaria una nueva misión para interrumpir el largo viaje entre San Diego y San Gabriel. El 30 de octubre de 1775, el padre Fermín Lasuen fundó la misión de San Juan Capistrano, llamada así en honor a San Juan de Capistrano, Italia.

Sólo ocho días después, llegó la noticia de que los indios atacaron la misión de San Diego de Alcalá y mataron a uno de los padres. Los padres de San Juan Capistrano regresaron inmediatamente a San Diego, pero antes el padre Lasuen enterró las campanas de la Misión de San Juan Capistrano para mantenerlas a salvo.

Al año siguiente, el padre Junípero Serra regresó a la Misión de San Juan Capistrano, desenterró las campanas y la refundó el 1 de noviembre de 1776.

Los indios del lugar se mostraron amigables y ayudaron a los misioneros a construir los edificios y la iglesia. En 1777, construyeron una iglesia de adobe. En 1791, las campanas fueron trasladadas del árbol donde habían estado colgadas durante 15 años a un nuevo campanario.

1800-1820 en la Misión de San Juan Capistrano

La Misión de San Juan Capistrano creció rápidamente y pronto se quedó pequeña su capilla. En 1797, comenzaron a construir un nuevo edificio. Terminado en 1806, fue la mayor iglesia de la misión en California.

El año más exitoso de la Misión de San Juan Capistrano fue 1811. Ese año, cultivaron 500.000 libras de trigo y 303.000 libras de maíz. El ganado incluía 14.000 reses, 16.000 ovejas y 740 caballos.

En diciembre de 1812, un terremoto destruyó la iglesia de la Misión de San Juan Capistrano. Mató a 40 nativos, incluyendo a dos niños que estaban tocando las campanas en ese momento. No reconstruyeron la iglesia.

En 1818, el pirata Bouchard atacó la costa de California, diciendo que luchaba en nombre de una provincia sudamericana que se rebelaba contra España. En realidad, utilizó la revolución como excusa para atacar los asentamientos de California.

El padre Gerónimo Boscano se enteró de que el pirata se acercaba. Reunió a los nativos y huyó. La guardia española trató de contener a los piratas, pero al final sólo consiguieron causar mayores daños.

Décadas de 1820 – 1830 en la Misión de San Juan Capistrano

México se apoderó de California en 1822. El gobernador Echeandía llegó en 1824; dijo que los indios no tenían que seguir los mandatos de los padres. La disciplina comenzó a romperse. Entonces, el gobernador Figueroa intentó crear un pueblo para indios libres en San Juan Capistrano, pero fracasó

Secularización – 1835

En 1834, México decidió acabar con el sistema de misiones y vender las tierras. Los 861 indios que vivían allí no quisieron quedarse.

De 1842 a 1845, no quedó ni un solo sacerdote. En 1845, Don Juan Forster, cuñado del gobernador Pío Pico compró la Misión de San Juan Capistrano. Su familia vivió allí durante 20 años.

En 1863, el presidente Abraham Lincoln devolvió los terrenos a la iglesia católica. Sin embargo, la Misión de San Juan Capistrano no se mantuvo. En 1866, la iglesia católica envió allí al padre José Mut. Encontró todo en ruinas. El único edificio que seguía en pie era la capilla, que tenía techo porque se había utilizado para almacenar heno. Trató de evitar que los edificios empeoraran, pero poco pudo hacer.

La Misión de San Juan Capistrano en el siglo XX

En 1910 el padre John O’Sullivan llegó a la Misión de San Juan Capistrano. Cuando vio el estado de la Misión de San Juan Capistrano, pidió que se encargara de las ruinas. Poco a poco, el padre O’Sullivan comenzó a restaurarla por sí mismo.

Cambió trozos de los edificios en ruinas por nuevos materiales, cortó vigas del techo y contrató a trabajadores mexicanos para reconstruir las paredes de adobe. En 1918, consiguió el permiso para volver a convertirla en una iglesia activa, lo que sigue siendo. El edificio y los terrenos están parcialmente restaurados, y hay un museo.

La Misión de San Juan Capistrano es famosa por sus golondrinas, que vuelan al sur cada año el 23 de octubre y regresan el 19 de marzo. La leyenda dice que las golondrinas se instalaron aquí para escapar de un posadero que no paraba de destruir sus nidos. Las golondrinas llegan a la Misión de San Juan Capistrano en grupos y hacen sus nidos con barro y saliva, construyéndolos bajo los aleros de los edificios.