La prevalencia y recurrencia de la poliploidización en las especies vegetales la convierten en uno de los eventos evolutivos más importantes en las plantas, y como resultado, la poliploidización es un campo de investigación ampliamente investigado. Debido al rápido desarrollo de las tecnologías de secuenciación, cada vez hay más pruebas que apoyan que la poliploidización juega un papel importante en la diversificación de las especies vegetales, la evolución de los genes y la domesticación de los cultivos. Aquí revisamos la influencia de la poliploidización en varios aspectos de la evolución de las plantas, centrándonos principalmente en el origen de los poliploides, sus características, la posterior divergencia del genoma y su impacto en la innovación de la función de los genes y la domesticación de los cultivos. Se descubrió que la ocurrencia de muchos eventos independientes de poliploidización en las plantas estaba estrechamente asociada con el momento en que se producían eventos climáticos extremos o desastres naturales en la Tierra, lo que conducía a la extinción masiva, al tiempo que posiblemente facilitaba el aumento de la poliploidización. Tras la alopoliploidización, se produjo un fenómeno distinto conocido como dominio del subgenoma durante la evolución del mismo, que se encontró asociado a la metilación de los transposones. En casi todos los paleo-poliploides se registraron amplios fraccionamientos de genes (perdidos) tras la poliploidización, y se propusieron además los destinos evolutivos de los genes multicopia, como la sub/neofuncionalización, para ilustrar sus mecanismos subyacentes. Además, se descubrió que la poliploidización influye significativamente en la diversificación de las especies, con los consiguientes efectos en la domesticación de los cultivos y el desarrollo de rasgos de importancia agronómica. Basándonos en el progreso de los estudios de poliploidización de las plantas, discutimos varios temas principales que podrían mejorar nuestra comprensión de la evolución poliploide y que probablemente contribuyan a la aplicación de la poliploidización en la mejora de los cultivos en un futuro próximo.