La espectrometría de masas (MS) de Desorción/Ionización Láser Asistida por Matriz (MALDI-TOF) es un método común utilizado para el control de calidad (QC) de oligonucleótidos. La instrumentación MALDI-TOF es adecuada para su uso en entornos industriales de control de calidad de alto rendimiento y puede resolver moléculas en el rango de tamaño de los oligonucleótidos. Aunque son pequeños en comparación con los ácidos nucleicos de fuentes biológicas, los oligonucleótidos sintéticos son moléculas relativamente grandes, cuyo tamaño oscila entre unos 6.000 daltons para un 20mer y 30.000 daltons para un 100mer. El MALDI-TOF es útil para compuestos de hasta ~15.000 daltons, o alrededor de un oligonucleótido de 50mer. Las muestras de más de 15.000 daltons no se ionizan ni vuelan eficazmente y, además, están fuera del rango de resolución óptimo de estos instrumentos. La MS de ionización por electrospray y tiempo de vuelo (ESI-TOF) puede resolver oligonucleótidos más largos, de hasta 80 nt. En la tecnología MALDI subyacente, la muestra de ensayo de oligonucleótidos se mezcla con un portador o matriz (ácido picolínico) y se deposita en una rejilla. El instrumento MALDI-TOF utiliza pulsos de luz láser para vaporizar el oligo/matriz en un proceso conocido como desorción. Durante este proceso, algunas moléculas se ionizan por protonación. El pulso láser también puede fragmentar la molécula en una variedad de partículas cargadas y neutras (lo que puede dar lugar a bandas espurias o artefactos en el espectro resultante). En la espectrometría de masas por tiempo de vuelo (TOF), las moléculas oligo ionizadas son aceleradas por un campo electrostático en el analizador de masas hasta alcanzar una energía cinética común. Con la misma energía cinética, los iones más ligeros viajan más rápido y los más pesados más lentamente. Las partículas ionizadas entran por un extremo del tubo TOF, y el número de iones que llegan a un detector situado en el otro extremo se registra en función del tiempo. Los iones más ligeros llegan primero al detector y los más pesados llegan en último lugar. El espectro de masas completo se registra en una fracción de segundo como flujo de iones en función del tiempo. IDT fue pionera en el uso del análisis de MS de oligonucleótidos, y a lo largo de los años ha proporcionado trazas de MS MALDI-TOF como control de calidad de rutina en todas las sondas y cebadores estándar, así como para oligos más complejos modificados y purificados por HPLC y PAGE. Mientras que muchos otros proveedores de oligonucleótidos están empezando a proporcionar MS MALDI-TOF para sus productos, IDT ha cambiado nuestros análisis de MS por el uso de instrumentos de ionización Electrospray (ESI). Como se ha señalado anteriormente, la tecnología ESI mantiene la precisión de masa, la resolución y la sensibilidad en un rango de tamaño de nucleótidos más amplio (Hail ME, Elliott B et al). La conversión de MALDI a ESI permite a IDT ofrecer a sus clientes una mayor precisión de masa para cualquier oligo que sintetice hasta 200 bases. Referencia: Hail ME, Elliott B y Anderson A. (2004) High-throughput analysis of oligonucleotides using automated electrospray ionization mass spectrometry. Am Biotech Lab, 22: 12-14.