Francisco Javier nació como Francisco de Jasso y Xavier de una familia noble de estirpe vasca el 7 de abril de 1506. Durante sus estudios en París (1525-1536), se involucró en el pequeño grupo de entusiastas que fue organizado por Ignacio de Loyola en la Compañía de Jesús. Él e Ignacio fueron ordenados sacerdotes en Venecia en 1537. Al año siguiente, Francisco fue a Roma, donde ayudó a preparar la fundación de la Compañía de Jesús.

Mientras estaba en Roma, Javier se ofreció como voluntario para cubrir una vacante en una delegación portuguesa a Asia oriental. Pasó de 1542 a 1549 en la India, Ceilán, Malaca y el este de Indonesia. En 1549, Japón se convirtió en el campo de misión de Javier. Allí descubrió que tenía que cambiar sus métodos misioneros. Al no tener que enfrentarse a lo que él consideraba un pueblo «bárbaro», rastreó los orígenes de la cultura japonesa hasta China, que estaba cerrada a los extranjeros. En una fantástica aventura, Xavier trató de introducirse a escondidas en este intrigante imperio. Frente a la costa china murió, con la tierra prometida a la vista, el 19 de marzo de 1552.

Xavier fue un explorador que improvisó métodos misioneros en los cambiantes contextos de su vida. En Goa, bastión portugués y capital de Oriente, combatió la escandalosa vulgaridad de la cristiandad colonial. En una segunda fase, trabajando entre los pescadores de casta inferior que aceptaban el bautismo para escapar de la opresión musulmana, ideó la instrucción cristiana para analfabetos, centrándose en los niños que enseñaban a sus padres el mensaje del Evangelio, preferentemente con canciones. Bautizó aldeas enteras «hasta que sus manos se rindieron», dejando un resumen de la fe y un catequista protegido por el gobierno cada vez que decidía trasladarse a regiones más lejanas. Sus métodos misioneros siguieron siendo básicamente los mismos durante su apostolado en el sudeste asiático.

Después de su aventurado viaje a Japón, sin embargo, Javier se encontró en una nueva situación. Se vio envuelto en diálogos con interlocutores competentes y seguros de sí mismos y se dio cuenta de que era necesario un enfoque diferente. Dejó esta tarea a sus sucesores, que antes de finalizar el siglo XVI bautizaron a casi el 1% de la población total e inauguraron el «siglo cristiano en Japón». Xavier siguió intentando su visita a China, que era la influencia cultural más importante en Asia oriental. Su viaje misionero terminó en un sueño incumplido.

Con la sabiduría de la retrospectiva, muchos han criticado la superficialidad de sus métodos. Sin embargo, lo más importante es que muchas generaciones posteriores han captado su visión de amplius («más allá»). El compromiso de Javier con la rápida difusión del Evangelio ha llevado a muchos a llamarlo un «San Pablo en estilo moderno» que convirtió a la Compañía de Jesús en una orden misionera. En 1622 fue canonizado, y el Papa Pío XI lo declaró (con Santa Teresa de Lisieux) patrón de todas las misiones.