Las plantas fabrican una variedad asombrosa de moléculas pigmentarias, mucho más que los animales. Después de todo, las plantas son criaturas de luz. Perciben la luz para controlar su crecimiento y sus respuestas rápidas al entorno, y utilizan la luz como fuente de energía. Las plantas producen pigmentos para anunciar recompensas a los animales que polinizan las flores y dispersan las semillas. Así, los pigmentos pueden tener funciones fisiológicas y/o biológicas.

Hay tres tipos de pigmentos presentes en las hojas de las plantas, y su retención o producción determina los colores de las hojas antes de que caigan de , moléculas, más allá de las simples fórmulas químicas que describen los números de átomos de los diferentes elementos que componen la molécula. El ejemplo que se muestra aquí es el azúcar común glucosa.
La glucosa puede comprarse como edulcorante, más comúnmente es una mitad del azúcar de mesa común (sacarosa), que es un disacárido. Se mostrarán diagramas más complicados para ilustrar las estructuras de los tres tipos de pigmentos que están presentes durante el envejecimiento de las hojas: las clorofilas, los carotenoides y las antocianinas.

Carotenoides

Los carotenoides son pigmentos de cadena muy larga que repelen el agua y que se sintetizan en los plastos de las células vegetales. En el girasol, un carotenoide común, el ß-caroteno, se produce en los cromoplastos de las flores del rayo para producir colores brillantes amarillo-anaranjados. Estos pigmentos absorben principalmente en las longitudes de onda azules, permitiendo que las longitudes de onda más largas se dispersen y produzcan el color amarillo. En el follaje de otoño, los carotenoides sobran en los cloroplastos y se revelan por la pérdida de clorofila.

Clorofilas

Las clorofilas, a y b, son los pigmentos de la fotosíntesis. Se producen en los cloroplastos de los tejidos fotosintéticos de la hoja. Las moléculas de clorofila son muy repelentes al agua, en parte debido a la larga cola de fitol de la molécula. El anillo cerrado de la molécula es similar a la hemoglobina de nuestra sangre, pero contiene un ion de magnesio en lugar de hierro. Es una molécula grande y cara de fabricar, en parte porque cada anillo contiene cuatro átomos de nitrógeno. La clorofila se descompone normalmente hacia el final de la vida de la hoja, y gran parte del nitrógeno es reabsorbido por la planta.

Antocianinas

Las antocianinas son pigmentos solubles en agua.solubles en agua producidos a través de la vía de los flavonoides en el citoplasma de la célula vegetal coloreada. La fijación de la molécula de azúcar las hace especialmente solubles en la savia de la vacuola, donde estas moléculas se almacenan…..una vez lanzadas. Son las responsables de los colores rosa-rojo de la mayoría de los pétalos de las flores, de la mayoría de los frutos rojos (como las manzanas) y de casi todas las hojas rojas durante el otoño. Las antocianinas absorben la luz en las longitudes de onda azul-verde, permitiendo que las longitudes de onda rojas sean dispersadas por los tejidos de la planta para hacer que estos órganos sean visibles para nosotros como rojos.