Planten maken een verbazingwekkende variëteit aan pigmentmoleculen, veel meer dan dieren. Planten zijn immers wezens van het licht. Ze voelen licht om hun groei en snelle reacties op de omgeving te sturen, en ze gebruiken licht als energiebron. Planten produceren pigmenten om beloningen aan te kondigen voor dieren die bloemen bestuiven en zaden verspreiden. Pigmenten kunnen dus fysiologische en/of biologische functies hebben.

Er zijn drie soorten pigmenten aanwezig in de bladeren van planten, en hun behoud of productie bepaalt de kleuren van de bladeren voordat ze vallen van , moleculen, verder dan de eenvoudige chemische formules die de aantallen atomen van verschillende elementen beschrijven waaruit het molecuul is opgebouwd. Het voorbeeld dat hier wordt gegeven is de gewone suiker glucose.
Glucose kan worden gekocht als zoetstof, meestal is het de ene helft van de gewone tafelsuiker (sucrose), die een disacharide is. Meer ingewikkelde diagrammen zullen worden getoond om de structuren te illustreren van de drie soorten pigmenten die aanwezig zijn tijdens de veroudering van bladeren: chlorofyl, carotenoïden, en anthocyaninen.

Carotenoïden

Carotenoïden zijn zeer lange-keten waterafstotende pigmenten die worden gesynthetiseerd in de plastiden van plantencellen. In de zonnebloem wordt een veel voorkomende carotenoïde, ß-caroteen, geproduceerd in de chromoplasten van de straalbloemen om heldere geeloranje kleuren te produceren. Deze pigmenten absorberen hoofdzakelijk in de blauwe golflengten, waardoor de langere golflengten kunnen worden verstrooid en de gele kleur wordt geproduceerd. In de herfstbladeren zijn de carotenoïden in de chloroplasten overgebleven en onthuld door het verlies van chlorofyl.

Chlorofylen

De chlorofylen, a en b, zijn de pigmenten van de fotosynthese. Zij worden geproduceerd in chloroplasten in de fotosynthetische weefsels van het blad. De chlorofylmoleculen zijn zeer waterafstotend, mede door de lange fytolstaart in het molecuul. De gesloten ring van het molecuul is vergelijkbaar met de hemoglobine van ons bloed, maar bevat een magnesiumion in plaats van ijzer. Het is een groot en duur molecuul om te maken, deels omdat elke ring vier stikstofatomen bevat. Chlorofyl wordt normaal gesproken tegen het einde van de levensduur van het blad afgebroken, en een groot deel van de stikstof wordt door de plant opnieuw geabsorbeerd.

Anthocyaninen

Anthocyaninen zijn in water oplosbareoplosbare pigmenten die via de flavonoïdenroute in het cytoplasma van de gekleurde plantencel worden geproduceerd. Door de aanhechting van de suikermolecule zijn zij bijzonder goed oplosbaar in het sap van de vacuole, waar deze moleculen worden opgeslagen…..nadat zij zijn gelanceerd. Deze zijn verantwoordelijk voor de rozerode kleuren van de meeste bloemblaadjes, van de meeste rode vruchten (zoals appels) en van bijna alle rode bladeren in de herfst. Anthocyanen absorberen licht in de blauwgroene golflengten, waardoor de rode golflengten door de plantenweefsels kunnen worden verstrooid, zodat deze organen voor ons als rood zichtbaar worden.