W 1994 roku McQueen wrócił do Londynu i uzyskał tytuł magistra w Central Saint Martins College. Był to punkt zwrotny, który doprowadził go do zostania projektantem. McQueen pracował w Givenchy jako główny projektant od 1996 do 2001 roku. Po rozstaniu z Givenchy, skupił się na własnej marce. W 2001 roku zadebiutował kolekcją The Dance of the Twisted Bull w Paryżu, która wywołała skandale.

W 2001 roku „Gucci” Group otrzymała 51% udziałów w marce Alexander McQueen, która została nazwana na cześć McQueena, i została jego nowym partnerem. W miarę upływu czasu, McQueen uruchomił „McQ” jako drugą markę, a „My Queen” jako markę perfum. McQueen współpracował również z takimi markami jak Puma, Samsonite i Chivas Regal. Do końca 2006 roku marka Alexander McQueen pojawiła się w 25 miastach, w tym w Londynie, Paryżu, Nowym Jorku, Bostonie, Mediolanie, Moskwie, Tokio i Seulu.

W 1996 roku został nominowany jako najmłodszy brytyjski projektant mody roku, a następnie w 1997, 2001 i 2003 roku. Ponadto, w 2003 roku został nominowany przez Council of Fashion Designers of America (CFDA) i otrzymał od królowej Order Imperium Brytyjskiego (Commander of the Order of the British Empire). Od połowy lat 90. do 2000 roku odnosił sukcesy w swojej karierze.