Spektrometria mas MALDI-TOF (ang. Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time Of Flight) jest powszechnie stosowaną metodą kontroli jakości (QC) oligonukleotydów. Aparatura MALDI-TOF jest odpowiednia do stosowania w przemysłowych systemach QC o dużej przepustowości i umożliwia rozdzielanie cząsteczek w zakresie wielkości oligonukleotydów. Syntetyczne oligonukleotydy, choć niewielkie w porównaniu z kwasami nukleinowymi pochodzącymi ze źródeł biologicznych, są jednak stosunkowo dużymi cząsteczkami, o wielkości od około 6000 daltonów w przypadku 20merów do 30 000 daltonów w przypadku 100merów. MALDI-TOF jest użyteczny dla związków do ~15,000 daltonów, lub około 50-cio metrowych oligonukleotydów. Próbki powyżej 15 000 daltonów nie jonizują się i nie latają efektywnie, a ponadto są poza optymalnym zakresem rozdzielczości tych instrumentów. MS z jonizacją elektrospray’ową i czasem przelotu (ESI-TOF) pozwala na rozdzielanie dłuższych oligonukleotydów, do 80 nt. W podstawowej technologii MALDI badana próbka oligonukleotydowa jest mieszana z nośnikiem lub matrycą (kwas pikolinowy) i osadzana na siatce. Urządzenie MALDI-TOF wykorzystuje impulsy światła laserowego do odparowania oligonukleotydu/matrycy w procesie zwanym desorpcją. Podczas tego procesu niektóre molekuły zostają zjonizowane poprzez protonację. Impuls laserowy może również fragmentować cząsteczkę na różne cząsteczki naładowane i neutralne (co może prowadzić do powstawania niepożądanych pasm lub artefaktów w wynikowym widmie). W spektrometrii mas typu time of flight (TOF), zjonizowane cząsteczki oligo są przyspieszane przez pole elektrostatyczne w analizatorze mas do wspólnej energii kinetycznej. Przy tej samej energii kinetycznej, lżejsze jony poruszają się szybciej, a cięższe wolniej. Zjonizowane cząsteczki dostają się na jeden koniec rurki TOF, a liczba jonów docierających do detektora na drugim końcu jest rejestrowana w sposób zależny od czasu. Najlżejsze jony docierają do detektora jako pierwsze, a najcięższe jako ostatnie. Całe spektrum masowe jest rejestrowane w ułamku sekundy jako strumień jonów w funkcji czasu. IDT jest pionierem w stosowaniu analizy MS dla oligonukleotydów i przez lata dostarczało ślady MALDI-TOF MS jako rutynową kontrolę jakości dla wszystkich standardowych sond i starterów, jak również dla bardziej złożonych oligo zmodyfikowanych i oczyszczonych metodą HPLC i PAGE. Podczas gdy wielu innych dostawców oligonukleotydów dopiero teraz zaczyna dostarczać dane MALDI-TOF MS dla swoich produktów, IDT przestawiło nasze analizy MS na wykorzystanie instrumentów jonizacji Electrospray (ESI). Jak wspomniano powyżej, technologia ESI utrzymuje dokładność, rozdzielczość i czułość masy w szerszym zakresie rozmiarów nukleotydów (Hail ME, Elliott B et al). Konwersja z MALDI na ESI pozwala IDT zapewnić klientom większą dokładność masową dla każdego syntetyzowanego przez nas oligo do 200 zasad. Referencje: Hail ME, Elliott B, and Anderson A. (2004) High-throughput analysis of oligonucleotides using automated electrospray ionization mass spectrometry. Am Biotech Lab, 22: 12-14.