Arcybiskup John Murphy Farley zlecił budowę parafii w 1907 roku, kupując cały blok miejski za $58,000. Kamień węgielny został położony 31 maja 1908 r. przez kardynała Logue, arcybiskupa Armagh, który przybył z wizytą z okazji stulecia archidiecezji nowojorskiej. Budynek został uroczyście poświęcony 21 lutego 1909 roku. Terence James Cooke (późniejszy Arcybiskup Nowego Jorku) służył w nim jako wikariusz w latach 50-tych.

Parafia od dawna była wybitna w służbie dzielnicy o niskich dochodach, we współpracy z St. Anthony of Padua. Na uwagę zasługują: długoletni proboszcz Louis R. Gigante – brat znanego gangstera Vincenta „the Chin” Gigante – który założył Simpson Street Development Association w 1967 roku; oraz siostra Miriam Thomas. Thomas, zakonnica, która przybyła do St. Athanasius w 1962 roku jako nauczycielka, i która wraz z Gigante założyła South East Bronx Community Organization (SEBCO) w 1968 roku. SEBCO zbiera fundusze federalne z Sekcji 8, by przekształcać opuszczone budynki w przystępne cenowo mieszkania. Athanasius ksiądz William Smith w 1974 r. W 1985 r. Thomas zorganizował nawet pierwszą paradę Halloween na Południowym Bronksie

W 2008 r. na ostatniej działce należącej do miasta na Południowym Bronksie SEBCO wybudowało 105-mieszkaniowe osiedle o przystępnych cenach – Sister Thomas Apartments. Podczas poświęcenia, Agencja Finansów Mieszkaniowych Stanu Nowy Jork stwierdziła, że „W latach 60-tych i 70-tych XX wieku dzielnica Hunts Point w Południowym Bronksie była opustoszałym miejscem, wyłożonym zwłokami budynków, w których wciąż tliły się ostatnie pożary….. Jedynym schronieniem był St. Athanasius i jego księża i zakonnice, którzy stali się latarniami nadziei i liderami w ruchu praw lokatorów….”

Niemniej jednak, Siostra Thomas i pchli targ, który długo organizowała, zostały bezceremonialnie usunięte z parafii w 2010 roku, dzieląc społeczność, wkrótce po przybyciu nowego proboszcza. Wielu parafian uczestniczyło w protestach przeciwko temu posunięciu, podczas gdy inni bronili nowego proboszcza.