Islamabad został oficjalnie stolicą Pakistanu 14 sierpnia 1967, dokładnie 20 lat po uzyskaniu przez ten kraj niepodległości. Pierwszą stolicą Pakistanu było nadmorskie miasto Karaczi w prowincji Sindh, które zostało wybrane przez Muhammada Ali Jinnaha. Karaczi było i nadal jest największym miastem i gospodarczą stolicą Pakistanu. Pozostawało siedzibą rządu do 1959 r., kiedy to prezydent wojskowy Ayub Khan podjął decyzję o budowie nowej stolicy, Islamabadu, na północy Pakistanu, w pobliżu głównej kwatery pakistańskich sił zbrojnych, która znajduje się w Rawalpindi. Podczas tego procesu Rawalpindi było stolicą tymczasową. Na nazwę Islamabad miała wpływ bengalska nazwa bengalskiego miasta portowego Chittagong, która brzmiała Islamabad.

W 1962 r. Dhaka stała się stolicą ustawodawczą kraju ze względu na dużą liczbę ludności Pakistanu Wschodniego.

Powody przeniesienia stolicy z Karaczi były takie, że odzwierciedlałaby ona różnorodność Pakistańczyków, byłaby oddzielona od działalności biznesowej i handlowej Karaczi, a także byłaby łatwo dostępna ze wszystkich części kraju. Przeprowadzka do Islamabadu nie została zakończona aż do późnych lat 60-tych, a przez kilka lat kilka ministerstw rządowych znajdowało się w pobliskim Rawalpindi.