W 1775 roku ojciec Junipero Serra przekonał hiszpańskiego kapitana Riverę, że potrzebna jest nowa misja, która przerwałaby długą podróż między San Diego a San Gabriel. 30 października 1775 roku ojciec Fermin Lasuen założył Misję San Juan Capistrano, nazwaną na cześć świętego Jana z Capistrano we Włoszech.

Już osiem dni później przyszła wiadomość, że Indianie zaatakowali Misję San Diego de Alcala i zabili jednego z ojców. Ojcowie z San Juan Capistrano natychmiast wrócili do San Diego, ale najpierw ojciec Lasuen zakopał dzwony Misji San Juan Capistrano, aby zapewnić im bezpieczeństwo.

W następnym roku ojciec Junipero Serra powrócił do Misji San Juan Capistrano, odkopał dzwony i założył ją ponownie 1 listopada 1776 r.

Tutejsi Indianie byli przyjaźni i pomogli misjonarzom zbudować budynki i kościół. W 1777 r. zbudowali kościół z adobe. W 1791 roku, dzwony zostały przeniesione z drzewa, na którym wisiały przez 15 lat, do nowej dzwonnicy.

1800-1820 w San Juan Capistrano Mission

Misja San Juan Capistrano szybko się rozrastała i wkrótce przerosła swoją małą kaplicę. W 1797 roku rozpoczęto budowę nowego budynku. Ukończony w 1806 roku, był to największy kościół misyjny w Kalifornii.

Najbardziej udanym rokiem w Misji San Juan Capistrano był rok 1811. W tym roku zebrano 500,000 funtów pszenicy i 303,000 funtów kukurydzy. Inwentarz żywy obejmował 14.000 sztuk bydła, 16.000 owiec i 740 koni.

W grudniu 1812 roku trzęsienie ziemi zniszczyło kościół w Misji San Juan Capistrano. Zabiło ono 40 tubylców, w tym dwóch chłopców, którzy dzwonili w tym czasie dzwonami. Nie odbudowali kościoła.

W 1818 roku pirat Bouchard zaatakował wybrzeże Kalifornii, twierdząc, że walczy w imieniu południowoamerykańskiej prowincji, która zbuntowała się przeciwko Hiszpanii. W rzeczywistości wykorzystał rewolucję jako pretekst do ataku na osady kalifornijskie.

Padre Geronimo Boscano usłyszał, że pirat się zbliża. Zebrał tubylców i uciekł. Hiszpańska gwardia próbowała powstrzymać piratów, ale udało im się tylko spowodować większe szkody.

Lata dwudzieste – trzydzieste XIX wieku w Misji San Juan Capistrano

Meksyk przejął Kalifornię w 1822 roku. Gubernator Echeandia przybył w 1824 roku; powiedział, że Indianie nie muszą wykonywać poleceń ojców. Dyscyplina zaczęła się załamywać. Następnie gubernator Figueroa próbował stworzyć pueblo dla wolnych Indian w San Juan Capistrano, ale nie udało się

Sekularyzacja – 1835

W 1834 roku Meksyk postanowił zakończyć system misyjny i sprzedać ziemię. 861 Indian, którzy tam mieszkali, nie chciało zostać.

Od 1842 do 1845 roku nie pozostał nawet jeden ksiądz. W 1845 r. Don Juan Forster, szwagier gubernatora Pio Pico kupił Misję San Juan Capistrano. Jego rodzina mieszkała tam przez 20 lat.

W 1863 r. prezydent Abraham Lincoln zwrócił ziemię Kościołowi katolickiemu. Jednak San Juan Capistrano Mission nie była utrzymywana. W 1866 roku kościół katolicki wysłał tam ojca Jose Muta. Zastał on wszystko w ruinie. Jedynym budynkiem, który jeszcze stał była kaplica, która miała dach, ponieważ była używana do przechowywania siana. Próbował on utrzymać budynki w stanie nie pogorszonym, ale niewiele mógł zrobić.

Misja San Juan Capistrano w XX wieku

W 1910 roku Ojciec John O’Sullivan przybył do Misji San Juan Capistrano. Kiedy zobaczył stan Misji San Juan Capistrano, poprosił o opiekę nad ruinami. Powoli, Ojciec O’Sullivan zaczął odbudowywać je własnymi siłami.

Wymieniał kawałki zrujnowanych budynków na nowe materiały, ciął belki dachowe i zatrudniał meksykańskich robotników do odbudowy ścian z adobe. W 1918 r. otrzymał pozwolenie na ponowne otwarcie kościoła, który nadal jest czynny. Budynek i teren są częściowo odrestaurowane, znajduje się tam również muzeum.

Misja San Juan Capistrano słynie z jaskółek, które każdego roku odlatują na południe 23 października i wracają 19 marca. Legenda mówi, że jaskółki osiedliły się tutaj, aby uciec przed karczmarzem, który niszczył ich gniazda. Jaskółki przybywają do San Juan Capistrano Mission w grupach i robią swoje gniazda z błota i śliny, budując je pod okapami budynków.