Zakres rozmiarów i różnorodność budowy

Mimo że większość szkarłupni jest niewielkich rozmiarów, do 10 cm (czterech cali) długości lub średnicy, niektóre osiągają stosunkowo duże rozmiary; np. niektóre ogórki morskie mają długość do dwóch metrów (około 6,6 stopy), a kilka ryb gwiaździstych ma średnicę do jednego metra. Do największych szkarłupni należały niektóre wymarłe (kopalne) krynoidy (lilie morskie), których łodygi przekraczały 20 metrów (66 stóp) długości.

Szkarłupnie wykazują dużą różnorodność form ciała, zwłaszcza wśród grup wymarłych. Chociaż wszystkie żyjące szkarłupnie mają pentameryczną (pięcioczęściową) symetrię promienistą, szkielet wewnętrzny i system wodno-naczyniowy pochodzący z koelomu (jamy centralnej), ich ogólny wygląd waha się od łodygowych, kwiatopodobnych lilii morskich, przez robakopodobne, grzebiące ogórki morskie, do silnie opancerzonych rozgwiazd międzypływowych lub jeżowców. Ogólny kształt szkarłupni może przypominać gwiazdę z ramionami wyciągniętymi z centralnego dysku lub z rozgałęzionymi i pierzastymi ramionami wyciągniętymi z ciała często przymocowanego do łodygi, może też być okrągły lub cylindryczny. Płytki szkieletu wewnętrznego mogą się ze sobą łączyć (jak u gwiazdek morskich) lub być zszyte, tworząc sztywne jądro (jeżowce). Typowe dla szkarłupni występy ze szkieletu, czasem przypominające kolce, nadają temu gatunkowi jego nazwę (od greckiego echinos – „kolczasty” i derma – „skóra”). Powierzchnia szkarłupni, jednakże, jest tylko brodawkowata.

Szkarłupnie wykazują również szczególnie jaskrawe kolory, takie jak czerwienie, pomarańcze, zielenie i fiolety. Wiele tropikalnych gatunków jest ciemnobrązowych do czarnych, ale jaśniejsze kolory, szczególnie żółte, są powszechne wśród gatunków, które nie są normalnie narażone na silne światło słoneczne.