1798 Kościół i inne budynki zostały ukończone z adobe z dachami z błota i tulei.

1803 Położono kamień węgielny pod większy kościół, potrzebny zarówno z powodu zniszczenia pierwszego kościoła przez trzęsienie ziemi, jak i dlatego, że tak wielu rdzennych Amerykanów przybyło do misji.

1808 Ojciec Felipe del Arroyo de la Cuesta powiększył plan kościoła do trzech naw.

1812 23 czerwca, poświęcenie nowego kościoła. Kilka trzęsień ziemi przekonało Ojca Arroyo do wypełnienia łuków oddzielających nawy, dzięki czemu powstał kościół jednonawowy.

1814 Wokół misji zaczęło wyrastać miasto. Przed misją powstał plac, a po drugiej stronie placu zbudowano baraki dla żołnierzy.

1835 Misja została zsekularyzowana; ziemie przejęte przez rząd; księża nadal wykonywali tam posługi.

1859 55 akrów ziemi i pozostałe budynki powróciły do Kościoła Katolickiego.

1867 Ojciec Rubio rozpoczyna okres szeroko zakrojonej modernizacji: dodano wieżę, ściany wewnętrzne i podłogi pokryto drewnem.

Post 1906 Mimo, że Misja została zbudowana na linii uskoku San Andreas, doznała stosunkowo niewielkich szkód w wyniku trzęsienia ziemi w 1906 roku, być może dlatego, że wewnętrzne łuki zostały wypełnione. Budynki zostały następnie wzmocnione stalą i betonem.

1949-1950 Stiukowa wieża została usunięta, a dzwony umieszczono z powrotem na poprzeczce. Wnętrze również przywrócono do stanu z 1820 roku.

1976 Renowacje objęły otwarcie łuków do naw bocznych; dodano ścianę dzwonów; odrestaurowano kuchnię; muzeum z artefaktami z przeszłości Misji.

Dowiedz się więcej o misji, sprawdź na ich stronie oldmissionsjb.org/history i missionscalifornia.com/mission-facts/san-juan-bautista